Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/PSMD3_exin1/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/PSMD3_exin1/.excel/excel_reader2.php on line 916
  A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z AA
1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120831_1000_2ndset_pl2_01.txt                                                    
5 Target name: PSMD3ex1in1                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120831_1000_2ndset_pl2_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 8/31/12 1:06:17 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1 (8%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 14                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 1                                                    
28 - 1 Copy: 7                                                    
29 - 2 Copies: 2                                                    
30 - 4 Copies: 3                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 4                                                    
33 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
34 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37 Delta Ct variance: 0.4037                                                    
38                                                      
39                                                      
40 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
41 10-026 7 32.3840 29.4327 2.9513     PSMD3ex1in1 RNase P 2 0.64 1 0.99 0.13 2 2 31.7709 29.1131 2.6579 0.41 1.64 0.32 0.52 0.79 0.26
42 10-026 19 31.1579 28.7935 2.3644         2                                
43 10-029 31 31.2569 29.4653 1.7915     PSMD3ex1in1 RNase P 2 1.42 1 < 0.50 1.34 2 2 30.9998 29.4828 1.5170 0.39 0.50 0.71 1.17 1.71 0.54
44 10-029 43 30.7427 29.5002 1.2425         2                                
45 10-030 55 33.3338 29.2450 4.0888 x DCTET PSMD3ex1in1 RNase P 2         2                    
46 10-030 67 33.1362 29.3990 3.7372 x UNDET     2                                
47 10-032 79 29.0133 27.7262 1.2871     PSMD3ex1in1 RNase P 2 1.74 2 0.51 0.06 2 2 28.4774 27.2571 1.2202 0.09 0.20 0.87 1.66 1.82 0.16
48 10-032 91 27.9414 26.7881 1.1534         2                                
49 10-033 103 27.4477 27.4472 0.0005     PSMD3ex1in1 RNase P 2 4.26 4 0.73 0.02 2 2 27.3956 27.4671 -0.0715 0.10 -1.09 2.13 4.05 4.48 0.42
50 10-033 115 27.3435 27.4869 -0.1434         2                                
51 10-034 127 31.1993 28.6281 2.5712     PSMD3ex1in1 RNase P 2 0.58 1 0.99 0.29 2 2 31.3688 28.5563 2.8125 0.34 1.79 0.29 0.49 0.68 0.19
52 10-034 139 31.5384 28.4845 3.0539         2                                
53 10-035 151 29.3678 29.0929 0.2749     PSMD3ex1in1 RNase P 2 4.15 4 0.72 0.03 2 2 29.2599 29.2927 -0.0328 0.44 -1.05 2.07 3.35 5.13 1.78
54 10-035 163 29.1520 29.4926 -0.3406         2                                
55 10-037 175 29.1739 29.1316 0.0422     PSMD3ex1in1 RNase P 2 4.30 4 0.73 0.02 2 2 29.0688 29.1553 -0.0866 0.18 -1.11 2.15 3.94 4.71 0.77
56 10-037 187 28.9637 29.1790 -0.2154         2                                
57 10-039b 199 30.9992 28.7092 2.2900     PSMD3ex1in1 RNase P 2 1.05 1 0.54 0.36 2 2 30.4759 28.5259 1.9500 0.48 0.93 0.52 0.83 1.33 0.50
58 10-039b 211 29.9525 28.3425 1.6100         2                                
59 10-041 223 31.2805 28.8349 2.4455     PSMD3ex1in1 RNase P 2 0.78 1 0.95 0.04 2 2 31.1464 28.7718 2.3747 0.10 1.36 0.39 0.74 0.82 0.08
60 10-041 235 31.0124 28.7086 2.3039         2                                
61 10-043 247 32.0648 29.5584 2.5064     PSMD3ex1in1 RNase P 2 0.70 1 0.98 0.05 2 2 32.1617 29.6220 2.5397 0.05 1.52 0.35 0.68 0.71 0.03
62 10-043 259 32.2586 29.6856 2.5730         2                                
63 10-045 271 32.2391 29.3053 2.9337     PSMD3ex1in1 RNase P 2 0.51 1 > 0.99 0.84 2 2 31.9860 28.9829 3.0031 0.10 1.98 0.25 0.48 0.53 0.05
64 10-045 283 31.7329 28.6604 3.0725         2                                
65 DNActrl 319 24.7717 23.6418 1.1298     PSMD3ex1in1 RNase P 2 2.00 2 0.61 0.04 6 6 24.6139 23.5949 1.0190 0.15 0.00 1.00 1.85 2.33 0.48
66 DNActrl 331 24.3793 23.5794 0.7999         2                                
67 DNActrl 343 24.8469 23.7168 1.1300         2                                
68 DNActrl 355 24.9799 23.9075 1.0724         2                                
69 DNActrl 367 24.5660 23.4510 1.1150         2                                
70 DNActrl 379 24.1398 23.2727 0.8671         2                                
71 NTC 295 undetermined undetermined undetermined x NTC PSMD3ex1in1 RNase P 2         2                    
72 NTC 307 undetermined undetermined undetermined x NTC     2