Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/PSMD3_exin1/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/PSMD3_exin1/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120910_1000_2ndset_pl20_01.txt                                                    
5 Target name: PSMD3ex1in1                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120910_1000_2ndset_pl20                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/10/12 2:15:55 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1. 1 (7%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
2. Insufficient data points to estimate confidence and z-score values.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 3                                                    
28 - 1 Copy: 6                                                    
29 - 2 Copies: 6                                                    
30                                                      
31 Total number of wells omitted from analysis: 10                                                    
32 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 6                                                    
33 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
34 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37                                                      
38 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
39 10-522 7 32.7213 29.9997 2.7216     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.00 1     2 2 33.1353 30.3533 2.7819 0.09 1.00 0.50 0.96 1.05 0.08
40 10-522 19 33.5492 30.7069 2.8423         20                                
41 10-525 31 32.8119 30.4623 2.3495     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.17 1     2 2 33.5330 30.9748 2.5582 0.30 0.77 0.59 1.01 1.35 0.34
42 10-525 43 34.2542 31.4874 2.7669         20                                
43 10-526 55 32.3307 29.8385 2.4921     PSMD3ex1in1 RNase P 20 0.83 1     2 2 33.2231 30.1689 3.0542 0.79 1.27 0.42 0.56 1.23 0.66
44 10-526 67 34.1155 30.4994 3.6162         20                                
45 10-527b 79 33.9251 31.5715 2.3535     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.35 1     2 1 33.9251 31.5715 2.3535 0.00 0.57 0.67 1.35 1.35 0.00
46 10-527b 91 36.1215 33.4396 2.6819 x VICET     20                                
47 10-530 103 33.2734 31.2302 2.0432 x UNDET PSMD3ex1in1 RNase P 20         2                    
48 10-530 115 36.9103 32.6378 4.2726 x DCTET     20                                
49 10-532 127 28.2026 26.0638 2.1388     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.53 2     2 2 28.4613 26.2936 2.1678 0.04 0.38 0.77 1.50 1.57 0.06
50 10-532 139 28.7201 26.5233 2.1967         20                                
51 10-533 151 29.5889 27.8705 1.7184     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.53 2     2 2 30.6609 28.4875 2.1734 0.64 0.39 0.76 1.12 2.10 0.98
52 10-533 163 31.7329 29.1045 2.6284         20                                
53 10-534 175 37.7029 33.8016 3.9013 x VICET PSMD3ex1in1 RNase P 20         2                    
54 10-534 187 37.6817 36.1454 1.5363 x VICET     20                                
55 10-536T 199 38.1488 33.7655 4.3833 x VICET PSMD3ex1in1 RNase P 20         2                    
56 10-536T 211 38.1753 33.5809 4.5944 x VICET     20                                
57 10-540 223 30.0157 28.0475 1.9681     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.54 2     2 2 30.4224 28.2621 2.1602 0.27 0.37 0.77 1.35 1.76 0.41
58 10-540 235 30.8291 28.4768 2.3523         20                                
59 10-541 247 30.9292 29.0080 1.9212     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.92 2     2 2 31.0110 29.1695 1.8415 0.11 0.06 0.96 1.82 2.03 0.21
60 10-541 259 31.0928 29.3311 1.7617         20                                
61 10-543 271 31.9521 29.8333 2.1188     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.17 1     2 2 32.9444 30.3816 2.5628 0.63 0.78 0.58 0.86 1.59 0.73
62 10-543 283 33.9366 30.9299 3.0067         20                                
63 10-544 295 34.3339 32.5159 1.8179     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.96 2     2 1 34.3339 32.5159 1.8179 0.00 0.03 0.98 1.96 1.96 0.00
64 10-544 307 37.0233 33.4271 3.5962 x VICET     20                                
65 10-550 319 32.6094 30.3123 2.2971     PSMD3ex1in1 RNase P 20 1.20 1     2 2 33.0479 30.5291 2.5188 0.31 0.73 0.60 1.03 1.40 0.37
66 10-550 331 33.4864 30.7459 2.7405         20                                
67 DNActrl 367 25.8657 24.1822 1.6835     PSMD3ex1in1 RNase P 20 2.00 2     2 2 26.2298 24.4438 1.7860 0.14 0.00 1.00 1.86 2.15 0.28
68 DNActrl 379 26.5938 24.7054 1.8884         20                                
69 NTC 343 undetermined undetermined undetermined x NTC PSMD3ex1in1 RNase P 20         2                    
70 NTC 355 undetermined 38.3598 undetermined x NTC     20