Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120704_1097_pl3_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120704_1097_pl3                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/4/12 7:09:51 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 16                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 3                                                    
26 - 0 Copy: 1                                                    
27 - 1 Copy: 8                                                    
28 - 2 Copies: 2                                                    
29 - 9 Copies: 1                                                    
30                                                      
31 Total number of wells omitted from analysis: 9                                                    
32 - Undetermined VIC Ct: 1                                                    
33 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 5                                                    
34 - Outlier determined by the software: 1                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37 Delta Ct variance: 0.4167                                                    
38                                                      
39                                                      
40 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
41 185 9 34.1655 30.3390 3.8265     RARA ex3in3 RNase P   0.54 1 0.97 0.61 2 2 33.6649 29.8031 3.8618 0.05 1.88 0.27 0.53 0.56 0.03
42 185 21 33.1643 29.2672 3.8971                                          
43 186 33 32.7763 30.2765 2.4998     RARA ex3in3 RNase P   1.21 1 0.68 0.11 2 2 32.9175 30.2016 2.7159 0.31 0.73 0.60 1.04 1.40 0.36
44 186 45 33.0588 30.1267 2.9321                                          
45 187 57 30.0042 27.3156 2.6886     RARA ex3in3 RNase P   1.29 1 0.62 0.14 2 2 29.8981 27.2739 2.6242 0.09 0.64 0.64 1.23 1.34 0.11
46 187 69 29.7921 27.2322 2.5599                                          
47 188 81 34.2039 32.5841 1.6198     RARA ex3in3 RNase P   2.03 2 < 0.50 0.00 2 2 34.7076 32.7417 1.9659 0.49 -0.02 1.01 1.60 2.58 0.98
48 188 93 35.2113 32.8993 2.3120                                          
49 190 105 undetermined 33.4484 undetermined x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
50 190 117 undetermined 34.3328 undetermined x VICET                                      
51 194 129 undetermined 36.1791 undetermined x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
52 194 141 undetermined undetermined undetermined x NOVIC                                      
53 196 153 29.5662 30.9306 -1.3644     RARA ex3in3 RNase P   9.46 9 < 0.50 0.08 2 2 30.9287 31.1851 -0.2565 1.57 -2.24 4.73 4.39 20.40 16.01
54 196 165 32.2911 31.4397 0.8514                                          
55 197 177 38.6036 33.9739 4.6298 x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
56 197 189 37.5992 33.4781 4.1212 x VICET                                      
57 201 201 34.1455 30.8627 3.2828     RARA ex3in3 RNase P   0.69 1 0.95 0.30 2 2 34.1373 30.6261 3.5112 0.32 1.53 0.35 0.59 0.81 0.22
58 201 213 34.1291 30.3895 3.7396                                          
59 247 225 36.1445 32.0203 4.1242     RARA ex3in3 RNase P   0.45 0     2 1 36.1445 32.0203 4.1242 0.00 2.14 0.23 0.45 0.45 0.00
60 247 237 39.7884 32.0113 7.7771 x OCONF                                      
61 249 249 32.0662 29.0056 3.0606     RARA ex3in3 RNase P   1.05 1 0.74 0.05 2 2 31.9945 29.0731 2.9214 0.20 0.94 0.52 0.95 1.15 0.20
62 249 261 31.9228 29.1406 2.7822                                          
63 255 273 31.4300 28.1557 3.2743     RARA ex3in3 RNase P   0.85 1 0.89 0.05 2 2 30.9114 27.6955 3.2159 0.08 1.23 0.43 0.82 0.89 0.07
64 255 285 30.3928 27.2354 3.1574                                          
65 261 297 34.9837 31.6007 3.3830     RARA ex3in3 RNase P   1.17 1 0.60 0.10 2 2 34.6048 31.8419 2.7629 0.88 0.78 0.58 0.76 1.79 1.03
66 261 309 34.2260 32.0831 2.1428                                          
67 263 321 31.6277 28.9929 2.6348     RARA ex3in3 RNase P   1.38 1 0.56 0.30 2 2 31.3349 28.8136 2.5213 0.16 0.54 0.69 1.28 1.49 0.22
68 263 333 31.0422 28.6344 2.4077                                          
69 DNActrl 369 26.7138 24.5657 2.1481     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2 < 0.50 0.00 2 2 26.2380 24.2520 1.9861 0.23 0.00 1.00 1.79 2.24 0.45
70 DNActrl 381 25.7623 23.9383 1.8240                                          
71 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
72 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC