Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120706_1000_pl1_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120706_1000_pl1_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/6/12 11:17:38 AM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 4 (27%) samples have copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 1                                                    
28 - 0 Copy: 4                                                    
29 - 1 Copy: 7                                                    
30 - 2 Copies: 2                                                    
31 - 3 Copies: 1                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 4                                                    
34 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 2                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37 Delta Ct variance: 0.1732                                                    
38                                                      
39                                                      
40 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
41 10-001 9 undetermined 36.9142 undetermined x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
42 10-001 21 undetermined 36.5124 undetermined x VICET                                      
43 10-004 33 36.4802 31.6119 4.8683   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.54 0     2 2 36.0377 31.3044 4.7333 0.19 1.90 0.27 0.49 0.59 0.10
44 10-004 45 35.5952 30.9969 4.5983   DCTET                                      
45 10-008 57 29.5960 26.3722 3.2239     RARA ex3in3 RNase P   1.48 1 0.78 0.27 2 2 29.5722 26.2957 3.2764 0.07 0.44 0.74 1.42 1.53 0.11
46 10-008 69 29.5483 26.2192 3.3290                                          
47 10-009b 81 34.7116 31.1092 3.6024     RARA ex3in3 RNase P   1.44 1 0.83 0.24 2 2 34.0718 30.7611 3.3107 0.41 0.47 0.72 1.18 1.76 0.59
48 10-009b 93 33.4321 30.4130 3.0191                                          
49 10-010 105 34.7134 31.2085 3.5049     RARA ex3in3 RNase P   1.30 1 0.95 0.08 2 2 34.4993 31.0401 3.4592 0.06 0.62 0.65 1.26 1.34 0.08
50 10-010 117 34.2853 30.8718 3.4134                                          
51 10-012 129 34.0478 29.9663 4.0816   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.73 0     2 2 33.9143 29.6235 4.2908 0.30 1.45 0.37 0.63 0.84 0.21
52 10-012 141 33.7807 29.2807 4.5000   DCTET                                      
53 10-015 153 30.7644 28.8314 1.9330     RARA ex3in3 RNase P   3.22 3 < 0.50 0.27 2 2 31.4484 29.2956 2.1527 0.31 -0.68 1.61 2.76 3.74 0.98
54 10-015 165 32.1323 29.7598 2.3725                                          
55 10-016 177 32.1118 28.9363 3.1755     RARA ex3in3 RNase P   1.90 2 < 0.50 0.73 2 2 31.7548 28.8407 2.9141 0.37 0.08 0.95 1.58 2.27 0.69
56 10-016 189 31.3977 28.7451 2.6527                                          
57 10-017 201 35.6398 30.0472 5.5926   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.32 0     2 2 35.3301 29.8269 5.5032 0.13 2.67 0.16 0.30 0.34 0.04
58 10-017 213 35.0205 29.6067 5.4138   DCTET                                      
59 10-020 225 33.5474 29.5200 4.0274   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.86 0     2 2 33.6324 29.5818 4.0506 0.03 1.21 0.43 0.85 0.88 0.03
60 10-020 237 33.7174 29.6437 4.0737   DCTET                                      
61 10-022T 249 35.0838 31.2534 3.8304     RARA ex3in3 RNase P   1.15 1 > 0.99 0.16 2 2 35.4825 31.8458 3.6367 0.27 0.80 0.57 1.01 1.31 0.31
62 10-022T 261 35.8812 32.4383 3.4429                                          
63 10-024 273 32.5034 28.8555 3.6479     RARA ex3in3 RNase P   1.31 1 0.95 0.15 2 2 32.3168 28.8670 3.4498 0.28 0.61 0.65 1.14 1.50 0.36
64 10-024 285 32.1302 28.8785 3.2517                                          
65 10-026 297 34.7593 31.2395 3.5198     RARA ex3in3 RNase P   1.09 1 0.99 0.35 2 2 34.7393 31.0296 3.7098 0.27 0.87 0.55 0.96 1.25 0.29
66 10-026 309 34.7194 30.8197 3.8997                                          
67 10-029 321 34.9626 31.0536 3.9090     RARA ex3in3 RNase P   1.12 1 > 0.99 0.17 2 2 34.9081 31.2386 3.6695 0.34 0.83 0.56 0.95 1.33 0.37
68 10-029 333 34.8536 31.4236 3.4300                                          
69 DNActrl 369 28.0478 25.0943 2.9536     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2 < 0.50 0.50 2 2 27.8680 25.0304 2.8376 0.16 0.00 1.00 1.85 2.17 0.32
70 DNActrl 381 27.6881 24.9665 2.7216                                          
71 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
72 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC