Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120706_1000_pl3_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120706_1000_pl3_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/6/12 3:14:24 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1. 7 (47%) samples have copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
2. Insufficient data points to estimate confidence and z-score values.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 4                                                    
28 - 0 Copy: 3                                                    
29 - 1 Copy: 4                                                    
30 - 2 Copies: 3                                                    
31 - 3 Copies: 1                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 10                                                    
34 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 4                                                    
35 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 4                                                    
36 - Negative control sample well: 2                                                    
37                                                      
38                                                      
39 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
40 10-055 9 36.2756 31.2972 4.9784 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
41 10-055 21 33.2437 29.6341 3.6096 x UNDET                                      
42 10-059 33 38.1066 31.6354 6.4711   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.21 0     2 2 37.5932 31.4773 6.1158 0.50 3.27 0.10 0.16 0.26 0.10
43 10-059 45 37.0798 31.3192 5.7606   DCTET                                      
44 10-062b 57 32.4484 28.9624 3.4860     RARA ex3in3 RNase P   1.11 1     2 2 32.8648 29.1698 3.6950 0.30 0.85 0.55 0.96 1.28 0.32
45 10-062b 69 33.2812 29.3773 3.9039                                          
46 10-063 81 35.2366 30.1207 5.1159   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.51 0     2 2 34.8189 30.0030 4.8159 0.42 1.97 0.25 0.41 0.63 0.21
47 10-063 93 34.4011 29.8853 4.5158   DCTET                                      
48 10-065 105 34.5774 30.7310 3.8464 x UNDET RARA ex3in3 RNase P           2                    
49 10-065 117 35.0027 30.8804 4.1222 x DCTET                                      
50 10-066 129 31.7385 29.2990 2.4395     RARA ex3in3 RNase P   2.63 3     2 2 31.6287 29.1827 2.4460 0.01 -0.40 1.32 2.62 2.65 0.02
51 10-066 141 31.5189 29.0664 2.4525                                          
52 10-067 153 32.4375 28.8613 3.5762 x UNDET RARA ex3in3 RNase P           2                    
53 10-067 165 33.9299 29.5344 4.3955 x DCTET                                      
54 10-069b 177 32.3803 28.9587 3.4216     RARA ex3in3 RNase P   1.25 1     2 2 32.4521 28.9353 3.5168 0.13 0.67 0.63 1.17 1.34 0.17
55 10-069b 189 32.5240 28.9120 3.6120                                          
56 10-071 201 32.1689 28.5894 3.5795     RARA ex3in3 RNase P   1.08 1     2 2 32.2588 28.5289 3.7299 0.21 0.89 0.54 0.97 1.20 0.23
57 10-071 213 32.3486 28.4683 3.8803                                          
58 10-073 225 33.4211 29.0985 4.3226 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
59 10-073 237 33.4655 29.6604 3.8051 x UNDET                                      
60 10-078 249 35.4688 32.6536 2.8152     RARA ex3in3 RNase P   1.74 2     2 2 35.7176 32.6716 3.0460 0.33 0.20 0.87 1.48 2.04 0.56
61 10-078 261 35.9664 32.6895 3.2769                                          
62 10-079b 273 32.4685 29.2744 3.1940     RARA ex3in3 RNase P   1.36 1     2 2 32.2659 28.8701 3.3958 0.29 0.55 0.68 1.19 1.57 0.38
63 10-079b 285 32.0633 28.4657 3.5976                                          
64 10-083 297 31.1280 28.0831 3.0449     RARA ex3in3 RNase P   1.72 2     2 2 31.3579 28.2992 3.0587 0.02 0.22 0.86 1.71 1.74 0.03
65 10-083 309 31.5878 28.5153 3.0725                                          
66 10-085 321 33.9932 29.9889 4.0044   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.64 0     2 2 34.6479 30.1670 4.4809 0.67 1.64 0.32 0.46 0.89 0.43
67 10-085 333 35.3025 30.3451 4.9574   DCTET                                      
68 DNActrl 369 28.6947 25.3764 3.3183     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2     2 2 27.7368 24.8937 2.8432 0.67 0.00 1.00 1.44 2.78 1.34
69 DNActrl 381 26.7790 24.4110 2.3680                                          
70 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
71 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC