Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120710_1000_pl7_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120710_1000_pl7_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/10/12 10:48:05 AM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1. 10 (67%) samples have copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
2. Insufficient data points to estimate confidence and z-score values.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 2                                                    
28 - 0 Copy: 8                                                    
29 - 1 Copy: 1                                                    
30 - 2 Copies: 4                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 6                                                    
33 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 2                                                    
34 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 2                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37                                                      
38 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
39 10-171 9 37.2383 32.3241 4.9142   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.57 0     2 2 36.8195 32.1508 4.6687 0.35 1.81 0.28 0.48 0.67 0.19
40 10-171 21 36.4006 31.9774 4.4232   DCTET                                      
41 10-172 33 31.2131 28.5001 2.7129     RARA ex3in3 RNase P   1.81 2     2 2 32.0109 29.0168 2.9941 0.40 0.14 0.91 1.49 2.21 0.71
42 10-172 45 32.8088 29.5334 3.2753                                          
43 10-175T 57 33.6530 29.5010 4.1521   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.74 0     2 2 34.3321 30.0482 4.2839 0.19 1.43 0.37 0.68 0.81 0.14
44 10-175T 69 35.0112 30.5955 4.4157   DCTET                                      
45 10-176 81 35.2538 31.3328 3.9210 x UNDET RARA ex3in3 RNase P           2                    
46 10-176 93 35.8948 31.0596 4.8353 x DCTET                                      
47 10-181 105 31.7799 28.2008 3.5791 x UNDET RARA ex3in3 RNase P           2                    
48 10-181 117 33.0735 28.9089 4.1647 x DCTET                                      
49 10-183 129 32.0289 29.0218 3.0071     RARA ex3in3 RNase P   1.72 2     2 2 32.0005 28.9317 3.0688 0.09 0.21 0.86 1.65 1.80 0.15
50 10-183 141 31.9721 28.8416 3.1305                                          
51 10-184 153 34.4955 29.8397 4.6557   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.65 0     2 2 34.5653 30.0907 4.4746 0.26 1.62 0.33 0.57 0.74 0.16
52 10-184 165 34.6351 30.3416 4.2935   DCTET                                      
53 10-185 177 33.7605 30.2291 3.5313     RARA ex3in3 RNase P   1.52 2     2 2 33.3549 30.1082 3.2467 0.40 0.39 0.76 1.25 1.86 0.61
54 10-185 189 32.9494 29.9873 2.9621                                          
55 10-186 201 34.5339 30.3428 4.1912   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.66 0     2 2 35.1299 30.6675 4.4625 0.38 1.61 0.33 0.54 0.79 0.25
56 10-186 213 35.7260 30.9922 4.7338   DCTET                                      
57 10-188 225 34.3958 30.0591 4.3367   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.71 0     2 2 34.3219 29.9762 4.3458 0.01 1.49 0.36 0.71 0.72 0.01
58 10-188 237 34.2481 29.8933 4.3548   DCTET                                      
59 10-189 249 32.8003 28.6605 4.1399   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.85 0     2 2 32.8662 28.7809 4.0853 0.08 1.23 0.43 0.82 0.88 0.06
60 10-189 261 32.9321 28.9013 4.0308   DCTET                                      
61 10-190 273 34.3704 29.7864 4.5839   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.64 0     2 2 34.4651 29.9728 4.4923 0.13 1.64 0.32 0.60 0.68 0.08
62 10-190 285 34.5598 30.1591 4.4007   DCTET                                      
63 10-197a 297 32.9815 28.7011 4.2804   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.72 0     2 2 32.7621 28.4373 4.3248 0.06 1.47 0.36 0.70 0.74 0.04
64 10-197a 309 32.5427 28.1734 4.3692   DCTET                                      
65 10-198a 321 31.4507 28.2548 3.1959     RARA ex3in3 RNase P   1.36 1     2 2 31.8462 28.4379 3.4083 0.30 0.55 0.68 1.18 1.58 0.40
66 10-198a 333 32.2417 28.6209 3.6208                                          
67 DNActrl 369 28.2602 25.3830 2.8772     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2     2 2 27.9610 25.1070 2.8540 0.03 0.00 1.00 1.97 2.03 0.06
68 DNActrl 381 27.6617 24.8310 2.8307                                          
69 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
70 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC