Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120711_1000_pl13_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120711_1000_pl13_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/11/12 12:46:41 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 2 (13%) samples have copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 2                                                    
28 - 0 Copy: 1                                                    
29 - 2 Copies: 9                                                    
30 - 3 Copies: 2                                                    
31 - 6 Copies: 1                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 6                                                    
34 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 2                                                    
35 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
36 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
37 - Negative control sample well: 2                                                    
38                                                      
39 Delta Ct variance: 0.1576                                                    
40                                                      
41                                                      
42 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
43 10-311 9 33.5015 29.3434 4.1580   DCTET RARA ex3in3 RNase P   1.23 0     2 2 32.9568 28.8101 4.1467 0.02 0.70 0.62 1.22 1.24 0.02
44 10-311 21 32.4121 28.2768 4.1353   DCTET                                      
45 10-313 33 30.1684 28.5638 1.6047     RARA ex3in3 RNase P   6.16 6 < 0.50 0.17 2 2 30.2759 28.4499 1.8260 0.31 -1.62 3.08 5.28 7.18 1.90
46 10-313 45 30.3833 28.3360 2.0473                                          
47 10-314 57 30.5928 27.4073 3.1855     RARA ex3in3 RNase P   2.35 2 0.86 0.18 2 2 30.8424 27.6235 3.2190 0.05 -0.23 1.17 2.29 2.40 0.11
48 10-314 69 31.0921 27.8396 3.2525                                          
49 10-316 81 30.5547 27.1704 3.3842     RARA ex3in3 RNase P   2.05 2 0.98 0.05 2 2 30.5446 27.1345 3.4101 0.04 -0.04 1.03 2.02 2.09 0.07
50 10-316 93 30.5346 27.0986 3.4360                                          
51 10-321 105 31.4747 27.8216 3.6531     RARA ex3in3 RNase P   1.70 2 0.99 0.78 2 2 31.5757 27.8941 3.6816 0.04 0.23 0.85 1.67 1.74 0.07
52 10-321 117 31.6766 27.9665 3.7101                                          
53 10-322 129 31.5602 28.1332 3.4271     RARA ex3in3 RNase P   1.97 2 0.99 0.07 2 2 31.5692 28.0963 3.4729 0.06 0.02 0.98 1.90 2.03 0.13
54 10-322 141 31.5782 28.0594 3.5188                                          
55 10-323 153 39.9278 35.9732 3.9546 x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
56 10-323 165 undetermined 36.2182 undetermined x VICET                                      
57 10-324 177 31.7182 28.9938 2.7244     RARA ex3in3 RNase P   3.19 3 0.56 0.00 2 2 31.7081 28.9320 2.7761 0.07 -0.67 1.59 3.08 3.30 0.23
58 10-324 189 31.6980 28.8702 2.8278                                          
59 10-327 201 33.7692 30.4730 3.2962     RARA ex3in3 RNase P   2.47 2 0.71 0.26 2 2 33.3014 30.1593 3.1421 0.22 -0.31 1.24 2.22 2.75 0.53
60 10-327 213 32.8337 29.8457 2.9880                                          
61 10-329 225 29.9239 26.5810 3.3429     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2 0.98 0.06 2 2 30.4505 27.0035 3.4469 0.15 -0.00 1.00 1.86 2.15 0.29
62 10-329 237 30.9770 27.4261 3.5509                                          
63 10-330 249 31.0305 27.5904 3.4401     RARA ex3in3 RNase P   2.41 2 0.59 0.32 2 2 30.9643 27.7834 3.1809 0.37 -0.27 1.20 2.01 2.88 0.87
64 10-330 261 30.8982 27.9765 2.9217                                          
65 10-331 273 31.0891 27.1195 3.9696 x UNDET RARA ex3in3 RNase P           2                    
66 10-331 285 31.2228 27.1528 4.0700 x DCTET                                      
67 10-333 297 30.6887 27.4449 3.2438     RARA ex3in3 RNase P   2.17 2 0.93 0.05 2 2 31.0210 27.6890 3.3320 0.12 -0.12 1.08 2.04 2.31 0.27
68 10-333 309 31.3533 27.9331 3.4202                                          
69 10-335 321 30.6192 27.8728 2.7465     RARA ex3in3 RNase P   3.28 3 0.61 0.00 2 2 30.4939 27.7570 2.7370 0.01 -0.71 1.64 3.25 3.30 0.04
70 10-335 333 30.3687 27.6412 2.7274                                          
71 DNActrl 369 28.1752 24.8732 3.3021     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2 0.98 0.06 2 2 28.2160 24.7674 3.4486 0.21 0.00 1.00 1.81 2.21 0.41
72 DNActrl 381 28.2568 24.6617 3.5951                                          
73 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
74 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC