Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120711_1000_1st_set_pl14_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120711_1000_1st_set_pl14_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/11/12 2:38:33 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 2 (13%) samples have copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 3                                                    
28 - 1 Copy: 7                                                    
29 - 2 Copies: 4                                                    
30 - 3 Copies: 1                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 9                                                    
33 - Undetermined VIC Ct: 2                                                    
34 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 1                                                    
35 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 2                                                    
36 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 2                                                    
37 - Negative control sample well: 2                                                    
38                                                      
39 Delta Ct variance: 0.1647                                                    
40                                                      
41                                                      
42 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
43 10-336 9 35.2736 30.4336 4.8400 x DCTET RARA ex3in3 RNase P 14         2                    
44 10-336 21 30.4469 27.8549 2.5920 x UNDET     14                                
45 10-337 33 31.7131 28.3875 3.3256     RARA ex3in3 RNase P 14 1.36 1 0.85 0.11 2 2 31.6432 28.3867 3.2565 0.10 0.55 0.68 1.30 1.43 0.13
46 10-337 45 31.5733 28.3859 3.1874         14                                
47 10-338 57 31.0516 27.7957 3.2558     RARA ex3in3 RNase P 14 1.25 1 0.82 0.12 2 2 30.9005 27.5199 3.3806 0.18 0.68 0.63 1.15 1.36 0.22
48 10-338 69 30.7494 27.2441 3.5053         14                                
49 10-339 81 34.2442 30.2981 3.9461     RARA ex3in3 RNase P 14 1.17 1 0.96 0.20 2 2 33.2850 29.8042 3.4808 0.66 0.78 0.58 0.84 1.61 0.77
50 10-339 93 32.3257 29.3103 3.0154         14                                
51 10-340 105 32.5447 29.2946 3.2501     RARA ex3in3 RNase P 14 1.08 1 0.98 0.22 2 2 32.8924 29.2979 3.5945 0.49 0.89 0.54 0.85 1.37 0.52
52 10-340 117 33.2400 29.3012 3.9388         14                                
53 10-341 129 38.7782 34.1378 4.6404 x VICET RARA ex3in3 RNase P 14 1.33 1 < 0.50 0.20 2 1 36.0702 32.7825 3.2877 0.00 0.58 0.67 1.33 1.33 0.00
54 10-341 141 36.0702 32.7825 3.2877         14                                
55 10-342 153 31.2835 27.7763 3.5072     RARA ex3in3 RNase P 14 1.38 1 0.81 0.10 2 2 30.7246 27.4895 3.2350 0.38 0.53 0.69 1.15 1.67 0.53
56 10-342 165 30.1656 27.2028 2.9629         14                                
57 10-343 177 35.0641 32.0787 2.9854     RARA ex3in3 RNase P 14 1.33 1 0.82 0.11 2 2 34.6415 31.3487 3.2929 0.43 0.59 0.66 1.07 1.64 0.57
58 10-343 189 34.2189 30.6186 3.6003         14                                
59 10-346 201 31.4070 29.4174 1.9896     RARA ex3in3 RNase P 14 2.93 3 < 0.50 0.89 2 2 31.4633 29.3118 2.1515 0.23 -0.55 1.47 2.62 3.28 0.66
60 10-346 213 31.5196 29.2062 2.3134         14                                
61 10-347 225 29.8124 27.1002 2.7122     RARA ex3in3 RNase P 14 1.80 2 < 0.50 0.77 2 2 29.9730 27.1141 2.8589 0.21 0.16 0.90 1.62 1.99 0.37
62 10-347 237 30.1336 27.1281 3.0055         14                                
63 10-348 249 32.5081 29.5687 2.9394     RARA ex3in3 RNase P 14 1.86 2 < 0.50 0.54 2 2 31.8971 29.0909 2.8062 0.19 0.10 0.93 1.70 2.04 0.34
64 10-348 261 31.2862 28.6132 2.6730         14                                
65 10-349 273 30.2953 27.6402 2.6551     RARA ex3in3 RNase P 14 1.73 2 < 0.50 1.14 2 2 30.8479 27.9335 2.9144 0.37 0.21 0.86 1.44 2.07 0.62
66 10-349 285 31.4006 28.2268 3.1738         14                                
67 10-353 297 undetermined undetermined undetermined x NOVIC RARA ex3in3 RNase P 14         2                    
68 10-353 309 undetermined undetermined undetermined x NOVIC     14                                
69 10-356 321 34.6006 30.2624 4.3382 x DCTET RARA ex3in3 RNase P 14         2                    
70 10-356 333 33.2038 29.6591 3.5447 x UNDET     14                                
71 DNActrl 369 27.1764 24.3728 2.8037     RARA ex3in3 RNase P 14 2.00 2 < 0.50 0.50 2 2 26.8972 24.1940 2.7031 0.14 0.00 1.00 1.87 2.14 0.28
72 DNActrl 381 26.6179 24.0153 2.6026         14                                
73 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P 14         2                    
74 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC     14