Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120712_1000_pl18_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120712_1000_pl18_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/12/12 3:05:44 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1 (7%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 3                                                    
28 - 1 Copy: 2                                                    
29 - 2 Copies: 9                                                    
30 - 3 Copies: 1                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 8                                                    
33 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 4                                                    
34 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
35 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
36 - Negative control sample well: 2                                                    
37                                                      
38 Delta Ct variance: 0.1812                                                    
39                                                      
40                                                      
41 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
42 10-468T 9 32.5944 28.2336 4.3608 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
43 10-468T 21 29.4581 26.3721 3.0860 x UNDET                                      
44 10-470 33 29.2248 26.4843 2.7405     RARA ex3in3 RNase P   1.89 2 0.83 0.15 2 2 29.4980 26.7505 2.7475 0.01 0.08 0.94 1.88 1.90 0.02
45 10-470 45 29.7712 27.0167 2.7545                                          
46 10-476 57 39.3953 34.5401 4.8552 x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
47 10-476 69 39.2789 34.6126 4.6663 x VICET                                      
48 10-480 81 31.9151 29.1482 2.7669     RARA ex3in3 RNase P   2.31 2 0.59 0.26 2 2 31.7756 29.3186 2.4569 0.44 -0.21 1.15 1.86 2.86 1.00
49 10-480 93 31.6360 29.4891 2.1470                                          
50 10-484 105 32.5861 30.5748 2.0113     RARA ex3in3 RNase P   2.11 2 0.61 0.25 2 2 33.2423 30.6580 2.5843 0.81 -0.08 1.06 1.42 3.14 1.72
51 10-484 117 33.8985 30.7412 3.1573                                          
52 10-486 129 30.6514 27.6348 3.0167     RARA ex3in3 RNase P   1.77 2 0.82 0.16 2 2 30.5075 27.6695 2.8381 0.25 0.18 0.89 1.56 2.00 0.44
53 10-486 141 30.3637 27.7042 2.6595                                          
54 10-496 153 34.1720 31.0182 3.1539     RARA ex3in3 RNase P   1.25 1 < 0.50 0.42 2 2 34.2911 30.9476 3.3435 0.27 0.68 0.62 1.09 1.42 0.33
55 10-496 165 34.4101 30.8770 3.5331                                          
56 10-497 177 32.2247 29.3232 2.9016     RARA ex3in3 RNase P   1.51 2 0.70 0.42 2 2 32.4386 29.3678 3.0708 0.24 0.41 0.75 1.34 1.69 0.35
57 10-497 189 32.6524 29.4124 3.2401                                          
58 10-499 201 31.3977 29.0149 2.3827     RARA ex3in3 RNase P   3.36 3 < 0.50 0.18 2 2 30.9546 29.0407 1.9139 0.66 -0.75 1.68 2.43 4.65 2.22
59 10-499 213 30.5116 29.0664 1.4452                                          
60 10-500 225 31.4122 28.5651 2.8472     RARA ex3in3 RNase P   1.71 2 0.78 0.20 2 2 31.5621 28.6764 2.8857 0.05 0.22 0.86 1.67 1.76 0.09
61 10-500 237 31.7119 28.7877 2.9242                                          
62 10-501 249 32.5506 29.1089 3.4416     RARA ex3in3 RNase P   1.31 1 < 0.50 0.83 2 2 32.5106 29.2411 3.2695 0.24 0.61 0.66 1.17 1.48 0.31
63 10-501 261 32.4706 29.3733 3.0973                                          
64 10-502T 273 30.8537 27.7796 3.0741     RARA ex3in3 RNase P   1.98 2 0.74 0.20 2 2 30.3308 27.6551 2.6757 0.56 0.01 0.99 1.50 2.61 1.11
65 10-502T 285 29.8079 27.5305 2.2774                                          
66 10-505 297 undetermined 34.4033 undetermined x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
67 10-505 309 38.8176 36.8884 1.9292 x VICET                                      
68 10-507T 321 31.2735 28.2433 3.0302     RARA ex3in3 RNase P   1.78 2 0.76 0.15 2 2 31.1577 28.3250 2.8328 0.28 0.17 0.89 1.55 2.04 0.49
69 10-507T 333 31.0419 28.4066 2.6354                                          
70 DNActrl 369 28.0807 25.3488 2.7319     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2 0.72 0.14 2 2 27.7880 25.1252 2.6628 0.10 0.00 1.00 1.91 2.10 0.19
71 DNActrl 381 27.4953 24.9016 2.5937                                          
72 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
73 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC