Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120712_1000_1st_set_pl19_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120712_1000_1st_set_pl19_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/12/12 4:58:02 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1. 6 (40%) samples have copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
2. Insufficient data points to estimate confidence and z-score values.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 6                                                    
28 - 0 Copy: 1                                                    
29 - 1 Copy: 5                                                    
30 - 2 Copies: 3                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 14                                                    
33 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 2                                                    
34 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 5                                                    
35 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 5                                                    
36 - Negative control sample well: 2                                                    
37                                                      
38                                                      
39 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
40 10-508 9 37.8768 32.7143 5.1625   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.42 0     2 2 36.7692 32.0001 4.7690 0.56 2.25 0.21 0.32 0.55 0.23
41 10-508 21 35.6615 31.2859 4.3756   DCTET                                      
42 10-509 33 35.1086 32.3904 2.7182     RARA ex3in3 RNase P   1.35 1     2 2 35.3552 32.2706 3.0846 0.52 0.56 0.68 1.05 1.74 0.69
43 10-509 45 35.6017 32.1507 3.4510                                          
44 10-511c 57 35.3655 31.2069 4.1586 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
45 10-511c 69 34.1474 31.5694 2.5779 x UNDET                                      
46 10-512 81 33.0794 29.9455 3.1339     RARA ex3in3 RNase P   1.40 1     2 2 33.0597 30.0284 3.0313 0.15 0.51 0.70 1.31 1.51 0.20
47 10-512 93 33.0399 30.1112 2.9287                                          
48 10-515 105 32.7254 30.1039 2.6214 x UNDET RARA ex3in3 RNase P           2                    
49 10-515 117 35.3353 31.2521 4.0832 x DCTET                                      
50 10-516 129 36.8745 34.6694 2.2051 x VICET RARA ex3in3 RNase P           2                    
51 10-516 141 37.0076 33.7473 3.2603 x VICET                                      
52 10-520 153 30.1399 27.8692 2.2707     RARA ex3in3 RNase P   2.16 2     2 2 30.3295 27.9206 2.4089 0.20 -0.11 1.08 1.96 2.38 0.41
53 10-520 165 30.5192 27.9720 2.5472                                          
54 10-521T 177 32.4245 29.0267 3.3977     RARA ex3in3 RNase P   1.06 1     2 2 32.4233 28.9868 3.4365 0.05 0.92 0.53 1.03 1.09 0.06
55 10-521T 189 32.4221 28.9469 3.4752                                          
56 10-522 201 32.8077 30.0356 2.7721     RARA ex3in3 RNase P   1.40 1     2 2 32.7755 29.7420 3.0335 0.37 0.51 0.70 1.17 1.68 0.51
57 10-522 213 32.7434 29.4484 3.2949                                          
58 10-525 225 33.0232 30.3179 2.7053     RARA ex3in3 RNase P   2.01 2     2 2 32.7309 30.2138 2.5171 0.27 -0.00 1.00 1.76 2.28 0.52
59 10-525 237 32.4385 30.1096 2.3289                                          
60 10-526 249 34.5860 30.0539 4.5320 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
61 10-526 261 32.4678 29.2753 3.1925 x UNDET                                      
62 10-527b 273 35.2481 31.6477 3.6005 x UNDET RARA ex3in3 RNase P           2                    
63 10-527b 285 35.7525 31.5337 4.2188 x DCTET                                      
64 10-530 297 36.4687 31.5612 4.9075 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
65 10-530 309 34.3825 31.3036 3.0789 x UNDET                                      
66 10-532 321 30.2932 26.8773 3.4159     RARA ex3in3 RNase P   1.48 1     2 2 29.4411 26.4834 2.9577 0.65 0.44 0.74 1.08 2.03 0.95
67 10-532 333 28.5890 26.0895 2.4995                                          
68 DNActrl 369 28.1167 25.3862 2.7305     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2     2 2 27.5178 24.9970 2.5209 0.30 0.00 1.00 1.73 2.31 0.58
69 DNActrl 381 26.9190 24.6078 2.3112                                          
70 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
71 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC