Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120718_1000_1st_set_pl26_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120718_1000_1st_set_pl26_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/18/12 12:16:34 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 2 (13%) samples have copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 1                                                    
28 - 0 Copy: 1                                                    
29 - 1 Copy: 9                                                    
30 - 2 Copies: 3                                                    
31 - 3 Copies: 1                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 5                                                    
34 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 1                                                    
35 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
36 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
37 - Negative control sample well: 2                                                    
38                                                      
39 Delta Ct variance: 0.2537                                                    
40                                                      
41                                                      
42 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
43 10-732 9 34.2612 30.3986 3.8626     RARA ex3in3 RNase P   1.38 1 < 0.50 0.28 2 2 32.3436 29.4414 2.9023 1.36 0.54 0.69 0.71 2.68 1.97
44 10-732 21 30.4261 28.4841 1.9419                                          
45 10-733 33 30.6172 27.7163 2.9009     RARA ex3in3 RNase P   1.45 1 < 0.50 0.26 2 2 30.5211 27.6988 2.8223 0.11 0.46 0.73 1.38 1.54 0.16
46 10-733 45 30.4250 27.6813 2.7437                                          
47 10-734 57 35.9527 32.1676 3.7851     RARA ex3in3 RNase P   1.46 1 < 0.50 0.25 2 2 35.3729 32.5601 2.8128 1.38 0.45 0.73 0.75 2.87 2.13
48 10-734 69 34.7931 32.9526 1.8405                                          
49 10-735 81 36.9145 32.9867 3.9278     RARA ex3in3 RNase P   1.20 1 < 0.50 0.22 2 2 35.5431 32.4486 3.0945 1.18 0.73 0.60 0.68 2.15 1.47
50 10-735 93 34.1717 31.9104 2.2613                                          
51 10-738 105 30.9158 28.8155 2.1003     RARA ex3in3 RNase P   2.81 3 < 0.50 0.22 2 2 31.6082 29.7382 1.8699 0.33 -0.49 1.41 2.40 3.30 0.90
52 10-738 117 32.3005 30.6609 1.6395                                          
53 10-739 129 34.2643 30.3416 3.9227     RARA ex3in3 RNase P   0.98 1 0.72 0.18 2 2 33.0967 29.7066 3.3901 0.75 1.03 0.49 0.68 1.42 0.74
54 10-739 141 31.9291 29.0715 2.8575                                          
55 10-747 153 33.9330 30.3725 3.5605     RARA ex3in3 RNase P   0.87 1 0.76 0.23 2 2 33.9515 30.3815 3.5701 0.01 1.21 0.43 0.86 0.87 0.01
56 10-747 165 33.9701 30.3904 3.5796                                          
57 10-748 177 31.5719 28.6295 2.9424     RARA ex3in3 RNase P   1.76 2 < 0.50 0.26 2 2 31.3604 28.8122 2.5482 0.56 0.19 0.88 1.34 2.31 0.97
58 10-748 189 31.1488 28.9949 2.1539                                          
59 10-749 201 34.5103 32.1320 2.3784     RARA ex3in3 RNase P   1.25 1 0.56 0.12 2 2 34.5781 31.5373 3.0408 0.94 0.68 0.63 0.79 1.98 1.19
60 10-749 213 34.6459 30.9427 3.7031                                          
61 10-750 225 34.0027 30.2433 3.7594     RARA ex3in3 RNase P   1.07 1 0.73 0.26 2 2 33.5354 30.2688 3.2666 0.70 0.90 0.53 0.76 1.50 0.74
62 10-750 237 33.0681 30.2944 2.7738                                          
63 10-754 249 38.1343 33.9083 4.2260 x VICET RARA ex3in3 RNase P   1.16 1 < 0.50 0.23 2 1 35.3881 32.2356 3.1525 0.00 0.79 0.58 1.16 1.16 0.00
64 10-754 261 35.3881 32.2356 3.1525                                          
65 10-756 273 31.2764 28.3176 2.9587     RARA ex3in3 RNase P   1.58 2 < 0.50 0.35 2 2 31.2945 28.5899 2.7046 0.36 0.34 0.79 1.32 1.88 0.56
66 10-756 285 31.3127 28.8622 2.4505                                          
67 10-760 297 36.1885 31.3106 4.8780   DCTET RARA ex3in3 RNase P   0.41 0     2 2 35.6070 30.9739 4.6331 0.35 2.27 0.21 0.35 0.49 0.14
68 10-760 309 35.0255 30.6373 4.3882   DCTET                                      
69 10-765 321 35.9930 31.6488 4.3443 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
70 10-765 333 34.7796 31.2137 3.5659 x UNDET                                      
71 DNActrl 369 28.1431 25.3875 2.7556     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2 < 0.50 0.11 2 2 27.3563 24.9933 2.3630 0.56 0.00 1.00 1.52 2.63 1.10
72 DNActrl 381 26.5696 24.5991 1.9704                                          
73 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
74 NTC 357 undetermined undetermined undetermined x NTC