Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/RARAexin3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120718_1000_pl28_01.txt                                                    
5 Target name: RARA ex3in3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120718_1000_pl28_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 7/18/12 10:28:08 AM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1 (7%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 1                                                    
28 - 1 Copy: 9                                                    
29 - 2 Copies: 5                                                    
30                                                      
31 Total number of wells omitted from analysis: 4                                                    
32 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
33 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
34 - Negative control sample well: 2                                                    
35                                                      
36 Delta Ct variance: 0.2442                                                    
37                                                      
38                                                      
39 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
40 10-793 9 32.3725 29.9855 2.3870     RARA ex3in3 RNase P   1.53 2 < 0.50 0.72 2 2 32.3663 29.8048 2.5615 0.25 0.39 0.76 1.35 1.72 0.37
41 10-793 21 32.3602 29.6242 2.7359                                          
42 10-795a 33 30.6184 28.5148 2.1036     RARA ex3in3 RNase P   2.05 2 0.56 0.09 2 2 30.8043 28.6655 2.1387 0.05 -0.03 1.02 2.00 2.10 0.10
43 10-795a 45 30.9901 28.8162 2.1739                                          
44 10-797 57 32.9335 29.3791 3.5544     RARA ex3in3 RNase P   0.69 1 > 0.99 1.09 2 2 33.1255 29.4166 3.7089 0.22 1.54 0.35 0.62 0.77 0.15
45 10-797 69 33.3175 29.4542 3.8634                                          
46 10-800 81 31.5132 28.6113 2.9020     RARA ex3in3 RNase P   1.34 1 < 0.50 0.32 2 2 31.3011 28.5512 2.7499 0.22 0.58 0.67 1.21 1.49 0.28
47 10-800 93 31.0891 28.4912 2.5979                                          
48 10-803 105 33.0834 30.5544 2.5290     RARA ex3in3 RNase P   1.09 1 0.75 0.11 2 2 33.7196 30.6653 3.0543 0.74 0.88 0.54 0.75 1.56 0.81
49 10-803 117 34.3558 30.7762 3.5796                                          
50 10-805 129 33.4125 30.1676 3.2449     RARA ex3in3 RNase P   0.95 1 0.92 0.06 2 2 33.4006 30.1588 3.2419 0.00 1.07 0.48 0.95 0.96 0.00
51 10-805 141 33.3888 30.1500 3.2388                                          
52 10-807 153 33.1565 30.7140 2.4425     RARA ex3in3 RNase P   1.74 2 < 0.50 0.30 2 2 33.2408 30.8623 2.3786 0.09 0.20 0.87 1.66 1.81 0.15
53 10-807 165 33.3252 31.0105 2.3146                                          
54 10-808 177 34.1914 31.6667 2.5247     RARA ex3in3 RNase P   1.06 1 0.72 0.10 2 2 34.7849 31.7005 3.0844 0.79 0.91 0.53 0.72 1.57 0.85
55 10-808 189 35.3783 31.7342 3.6442                                          
56 10-810 201 30.4823 28.4349 2.0474     RARA ex3in3 RNase P   2.04 2 0.58 0.05 2 2 30.7476 28.6052 2.1424 0.13 -0.03 1.02 1.91 2.18 0.27
57 10-810 213 31.0129 28.7756 2.2373                                          
58 10-812 225 32.7889 29.7522 3.0367     RARA ex3in3 RNase P   1.01 1 0.91 0.09 2 2 33.1598 30.0032 3.1566 0.17 0.98 0.51 0.93 1.10 0.17
59 10-812 237 33.5307 30.2542 3.2765                                          
60 10-813b 249 30.0863 27.0618 3.0245     RARA ex3in3 RNase P   0.98 1 0.90 0.06 2 2 30.5712 27.3704 3.2007 0.25 1.03 0.49 0.87 1.11 0.24
61 10-813b 261 31.0560 27.6791 3.3769                                          
62 10-814 273 35.4524 31.2189 4.2334 x DCTET RARA ex3in3 RNase P           2                    
63 10-814 285 33.8786 30.7983 3.0802 x UNDET                                      
64 10-817 297 31.8912 28.7792 3.1120     RARA ex3in3 RNase P   1.24 1 0.58 0.25 2 2 31.7726 28.9055 2.8671 0.35 0.69 0.62 1.04 1.47 0.42
65 10-817 309 31.6539 29.0318 2.6221                                          
66 10-819 321 31.8097 28.6276 3.1822     RARA ex3in3 RNase P   1.06 1 0.74 0.10 2 2 32.0374 28.9492 3.0882 0.13 0.91 0.53 0.99 1.13 0.14
67 10-819 333 32.2651 29.2708 2.9942                                          
68 DNActrl 369 26.9955 24.7734 2.2221     RARA ex3in3 RNase P   2.00 2 0.57 0.09 2 2 26.9728 24.7992 2.1736 0.07 0.00 1.00 1.93 2.07 0.13
69 DNActrl 381 26.9502 24.8251 2.1251                                          
70 NTC 345 undetermined undetermined undetermined x NTC RARA ex3in3 RNase P           2                    
71 NTC 357 36.1241 undetermined undetermined x NTC