Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/KRT20in7ex7/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/KRT20in7ex7/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120918_1000_3rdset_pl4_01.txt                                                    
5 Target name: KRT20in7ex7                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120918_1000_3rdset_pl4_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/18/12 12:51:33 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1 (3%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 32                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 3                                                    
28 - 0 Copy: 2                                                    
29 - 1 Copy: 9                                                    
30 - 2 Copies: 6                                                    
31 - 3 Copies: 11                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 8                                                    
34 - Undetermined VIC Ct: 1                                                    
35 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 3                                                    
36 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
37 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
38 - Negative control sample well: 2                                                    
39                                                      
40 Delta Ct variance: 0.1590                                                    
41                                                      
42                                                      
43 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
44 10-175T 4 30.9559 28.8289 2.1270     KRT20in7ex7 RNase P 4 0.95 1 0.60 0.24 2 2 29.8384 28.2818 1.5566 0.81 1.07 0.48 0.64 1.41 0.77
45 10-175T 10 28.7209 27.7347 0.9862         4                                
46 10-176 28 30.6768 29.5255 1.1513     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.87 2 < 0.50 0.16 2 2 29.8586 29.2770 0.5816 0.81 0.10 0.93 1.26 2.77 1.52
47 10-176 34 29.0403 29.0285 0.0118         4                                
48 10-181 52 29.2481 27.2639 1.9842     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.14 1 < 0.50 0.27 2 2 28.0119 26.7180 1.2938 0.98 0.81 0.57 0.71 1.84 1.13
49 10-181 58 26.7757 26.1722 0.6035         4                                
50 10-183 76 28.3902 28.0393 0.3509     KRT20in7ex7 RNase P 4 3.10 3 < 0.50 0.18 2 2 27.5600 27.7078 -0.1479 0.71 -0.63 1.55 2.19 4.38 2.19
51 10-183 82 26.7297 27.3763 -0.6466         4                                
52 10-184 100 29.5100 27.9220 1.5881     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.20 1 < 0.50 0.21 2 2 29.2460 28.0293 1.2167 0.53 0.73 0.60 0.93 1.56 0.63
53 10-184 106 28.9819 28.1366 0.8452         4                                
54 10-185 124 30.6959 29.1831 1.5127     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.35 1 < 0.50 0.38 2 2 29.6130 28.5599 1.0531 0.65 0.57 0.67 0.98 1.85 0.87
55 10-185 130 28.5301 27.9367 0.5934         4                                
56 10-186 148 29.9392 29.0087 0.9305     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.69 2 < 0.50 0.27 2 2 29.7125 28.9895 0.7230 0.29 0.24 0.85 1.47 1.96 0.49
57 10-186 154 29.4858 28.9704 0.5155         4                                
58 10-188 172 29.2517 29.0197 0.2321     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.97 3 < 0.50 0.13 2 2 28.8985 28.9844 -0.0859 0.45 -0.57 1.48 2.38 3.70 1.32
59 10-188 178 28.5453 28.9492 -0.4039         4                                
60 10-189 196 28.9648 28.4581 0.5067     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.53 3 < 0.50 0.24 2 2 27.7747 27.6276 0.1472 0.51 -0.34 1.26 1.97 3.24 1.27
61 10-189 202 26.5847 26.7971 -0.2124         4                                
62 10-190 220 29.3369 29.2524 0.0845     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.99 3 < 0.50 0.17 2 2 28.7540 28.8515 -0.0975 0.26 -0.58 1.50 2.64 3.40 0.76
63 10-190 226 28.1711 28.4505 -0.2794         4                                
64 10-197a 244 30.2266 28.4362 1.7904     KRT20in7ex7 RNase P 4 0.96 1 0.50 0.17 2 2 29.1145 27.5751 1.5394 0.35 1.06 0.48 0.81 1.15 0.34
65 10-197a 250 28.0024 26.7140 1.2884         4                                
66 10-198a 268 27.9362 27.6596 0.2766     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.51 3 < 0.50 0.31 2 2 27.5029 27.3483 0.1546 0.17 -0.33 1.26 2.31 2.74 0.43
67 10-198a 274 27.0695 27.0370 0.0325         4                                
68 10-200 292 30.6335 27.8118 2.8217     KRT20in7ex7 RNase P 4 0.42 0     2 2 29.8129 27.0848 2.7282 0.13 2.24 0.21 0.40 0.45 0.05
69 10-200 298 28.9923 26.3577 2.6346         4                                
70 10-201 316 28.8522 28.6419 0.2103     KRT20in7ex7 RNase P 4 3.04 3 < 0.50 0.15 2 2 27.6977 27.8173 -0.1196 0.47 -0.60 1.52 2.42 3.82 1.40
71 10-201 322 26.5432 26.9927 -0.4495         4                                
72 10-203 340 28.5908 27.1997 1.3910     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.26 1 < 0.50 0.19 2 2 28.1017 26.9540 1.1478 0.34 0.66 0.63 1.07 1.49 0.43
73 10-203 346 27.6127 26.7082 0.9046         4                                
74 10-204 364 29.1669 28.7800 0.3869     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.31 2 < 0.50 0.23 2 2 28.1053 27.8300 0.2753 0.16 -0.21 1.16 2.14 2.50 0.36
75 10-204 370 27.0437 26.8801 0.1636         4                                
76 10-206 16 24.3296 24.6122 -0.2826     KRT20in7ex7 RNase P 4 3.09 3 < 0.50 0.15 2 2 24.9871 25.1313 -0.1442 0.20 -0.63 1.55 2.81 3.40 0.59
77 10-206 22 25.6447 25.6504 -0.0058         4                                
78 10-207 40 28.6625 28.0582 0.6043     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.06 2 < 0.50 0.16 2 2 28.0547 27.6117 0.4429 0.23 -0.04 1.03 1.84 2.30 0.46
79 10-207 46 27.4469 27.1653 0.2816         4                                
80 10-209 64 28.5659 27.6378 0.9281     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.79 2 < 0.50 0.16 2 2 27.7277 27.0859 0.6419 0.40 0.16 0.90 1.47 2.19 0.72
81 10-209 70 26.8896 26.5339 0.3557         4                                
82 10-210 88 27.1143 26.9326 0.1817     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.68 3 < 0.50 0.19 2 2 26.5684 26.5074 0.0610 0.17 -0.42 1.34 2.47 2.92 0.45
83 10-210 94 26.0225 26.0821 -0.0596         4                                
84 10-211 112 26.2325 26.1623 0.0702     KRT20in7ex7 RNase P 4 3.12 3 0.54 0.14 2 2 25.9711 26.1298 -0.1587 0.32 -0.64 1.56 2.66 3.66 1.00
85 10-211 118 25.7098 26.0974 -0.3876         4                                
86 10-215 136 29.5577 29.4213 0.1364     KRT20in7ex7 RNase P 4 3.39 3 0.50 0.17 2 2 28.7535 29.0305 -0.2770 0.58 -0.76 1.69 2.55 4.51 1.97
87 10-215 142 27.9492 28.6396 -0.6904         4                                
88 10-216 160 30.5358 30.6268 -0.0910     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.78 3 < 0.50 0.19 2 2 30.4315 30.4239 0.0077 0.14 -0.48 1.39 2.60 2.98 0.38
89 10-216 166 30.3272 30.2209 0.1063         4                                
90 10-221a 184 29.0161 27.7767 1.2395     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.27 1 < 0.50 0.22 2 2 28.7281 27.5934 1.1347 0.15 0.65 0.64 1.18 1.37 0.19
91 10-221a 190 28.4401 27.4102 1.0299         4                                
92 10-222 208 30.6333 28.7527 1.8807     KRT20in7ex7 RNase P 4 0.99 1 0.70 0.23 2 2 29.2393 27.7371 1.5022 0.54 1.02 0.49 0.76 1.28 0.52
93 10-222 214 27.8452 26.7215 1.1237         4                                
94 10-223c 232 27.5329 26.1155 1.4175     KRT20in7ex7 RNase P 4 1.23 1 < 0.50 0.27 2 2 27.1691 25.9803 1.1888 0.32 0.70 0.61 1.05 1.44 0.39
95 10-223c 238 26.8053 25.8452 0.9601         4                                
96 10-226 256 36.0507 31.6532 4.3975 x DCTET KRT20in7ex7 RNase P 4         2                    
97 10-226 262 32.8444 30.0613 2.7831 x UNDET     4                                
98 10-228 280 undetermined 34.5050 undetermined x VICET KRT20in7ex7 RNase P 4         2                    
99 10-228 286 undetermined 34.2073 undetermined x VICET     4                                
100 10-230T 304 34.2111 31.0178 3.1933     KRT20in7ex7 RNase P 4 0.43 0     2 2 33.1940 30.4947 2.6993 0.70 2.22 0.22 0.31 0.61 0.30
101 10-230T 310 32.1769 29.9716 2.2053         4                                
102 10-233 328 undetermined undetermined undetermined x NOVIC KRT20in7ex7 RNase P 4         2                    
103 10-233 334 35.5295 37.1032 -1.5737 x VICET     4                                
104 DNActrl 376 25.9999 25.1431 0.8568     KRT20in7ex7 RNase P 4 2.00 2 < 0.50 0.31 2 2 25.1143 24.6302 0.4841 0.53 0.00 1.00 1.54 2.59 1.04
105 DNActrl 382 24.2287 24.1173 0.1114         4                                
106 NTC 352 undetermined undetermined undetermined x NTC KRT20in7ex7 RNase P 4         2                    
107 NTC 358 undetermined undetermined undetermined x NTC     4