Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/MAP2K4exin4/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/MAP2K4exin4/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120910_1000_2ndset_pl20_01.txt                                                    
5 Target name: MAP2K4ex4in4                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120910_1000_2ndset_pl20                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/10/12 2:15:55 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1 (7%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 3                                                    
28 - 0 Copy: 1                                                    
29 - 1 Copy: 7                                                    
30 - 2 Copies: 4                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 10                                                    
33 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 8                                                    
34 - Negative control sample well: 2                                                    
35                                                      
36 Delta Ct variance: 0.4428                                                    
37                                                      
38                                                      
39 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
40 10-522 4 30.4586 30.2357 0.2229     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 1.44 1 < 0.50 0.33 2 2 31.0831 30.6284 0.4547 0.33 0.48 0.72 1.22 1.69 0.46
41 10-522 16 31.7075 31.0210 0.6865         20                                
42 10-525 28 32.4255 31.3410 1.0844     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 1.53 2 < 0.50 0.13 2 2 31.6704 31.3061 0.3643 1.02 0.39 0.76 0.93 2.52 1.59
43 10-525 40 30.9153 31.2711 -0.3559         20                                
44 10-526 52 31.9616 30.2832 1.6784     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 0.61 1 0.94 0.48 2 1 31.9616 30.2832 1.6784 0.00 1.70 0.31 0.61 0.61 0.00
45 10-526 64 undetermined 35.9312 undetermined x VICET     20                                
46 10-527b 76 35.3874 33.4658 1.9216 x VICET MAP2K4ex4in4 RNase P 20 0.11 0     2 1 36.1308 32.0035 4.1272 0.00 4.15 0.06 0.11 0.11 0.00
47 10-527b 88 36.1308 32.0035 4.1272   DCTET     20                                
48 10-530 100 32.9078 32.2985 0.6094     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 1.53 2 < 0.50 0.15 2 2 32.7429 32.3803 0.3626 0.35 0.39 0.76 1.29 1.82 0.53
49 10-530 112 32.5779 32.4620 0.1159         20                                
50 10-532 124 29.1143 27.4212 1.6931     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 0.89 1 0.72 0.07 2 2 28.1560 27.0067 1.1493 0.77 1.17 0.44 0.61 1.29 0.68
51 10-532 136 27.1977 26.5922 0.6055         20                                
52 10-533 148 29.9118 29.1427 0.7691     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 1.36 1 < 0.50 0.13 2 2 29.2663 28.7353 0.5310 0.34 0.56 0.68 1.15 1.61 0.45
53 10-533 160 28.6208 28.3278 0.2930         20                                
54 10-534 172 undetermined 34.7600 undetermined x VICET MAP2K4ex4in4 RNase P 20         2                    
55 10-534 184 37.6196 35.0991 2.5205 x VICET     20                                
56 10-536T 196 36.2841 35.3781 0.9060 x VICET MAP2K4ex4in4 RNase P 20         2                    
57 10-536T 208 undetermined 34.5510 undetermined x VICET     20                                
58 10-540 220 29.2993 28.9620 0.3372     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 1.36 1 < 0.50 0.19 2 2 29.6191 29.0832 0.5359 0.28 0.56 0.68 1.18 1.56 0.37
59 10-540 232 29.9390 29.2044 0.7346         20                                
60 10-541 244 31.1662 30.4874 0.6788     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 1.21 1 < 0.50 0.12 2 2 30.6628 29.9673 0.6955 0.02 0.72 0.61 1.20 1.23 0.03
61 10-541 256 30.1594 29.4471 0.7122         20                                
62 10-543 268 31.0969 30.7318 0.3652     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 1.58 2 < 0.50 0.10 2 2 30.9738 30.6578 0.3160 0.07 0.34 0.79 1.53 1.63 0.11
63 10-543 280 30.8507 30.5839 0.2667         20                                
64 10-544 292 34.0271 33.5158 0.5113 x VICET MAP2K4ex4in4 RNase P 20         2                    
65 10-544 304 36.0977 33.6022 2.4955 x VICET     20                                
66 10-550 316 33.2942 31.5734 1.7208     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 0.65 1 0.91 0.51 2 2 32.4224 30.8151 1.6073 0.16 1.63 0.32 0.60 0.70 0.10
67 10-550 328 31.5506 30.0568 1.4938         20                                
68 DNActrl 364 26.1648 25.8183 0.3465     MAP2K4ex4in4 RNase P 20 2.00 2 < 0.50 0.07 2 2 25.1387 25.1628 -0.0241 0.52 0.00 1.00 1.55 2.59 1.04
69 DNActrl 376 24.1127 24.5074 -0.3947         20                                
70 NTC 340 undetermined undetermined undetermined x NTC MAP2K4ex4in4 RNase P 20         2                    
71 NTC 352 36.2993 undetermined undetermined x NTC     20