Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/PSMD3_exin1/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/PSMD3_exin1/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120907_1000_2ndset_pl16_01.txt                                                    
5 Target name: PSMD3ex1in1                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120907_1000_2ndset_pl16_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/7/12 10:39:18 AM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1 (7%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 2                                                    
28 - 1 Copy: 3                                                    
29 - 2 Copies: 7                                                    
30 - 3 Copies: 1                                                    
31 - 6 Copies: 2                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 6                                                    
34 - Undetermined VIC Ct: 2                                                    
35 - Delta Ct exceeded the zero-copy threshold (4.0): 1                                                    
36 - Non-zero copy replicate in sample where half of replicates are zero-copy: 1                                                    
37 - Negative control sample well: 2                                                    
38                                                      
39 Delta Ct variance: 0.2446                                                    
40                                                      
41                                                      
42 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
43 10-376 7 31.7367 29.9121 1.8246     PSMD3ex1in1 RNase P 16 2.00 2 0.69 0.11 2 2 31.1056 29.5875 1.5180 0.43 -0.00 1.00 1.62 2.47 0.86
44 10-376 19 30.4744 29.2629 1.2115         16                                
45 10-377 31 34.0397 30.3402 3.6995     PSMD3ex1in1 RNase P 16 0.64 1 0.98 0.20 2 2 33.2198 30.0499 3.1699 0.75 1.65 0.32 0.44 0.92 0.48
46 10-377 43 32.3999 29.7597 2.6402         16                                
47 10-378 55 34.0887 31.0789 3.0098 x UNDET PSMD3ex1in1 RNase P 16         2                    
48 10-378 67 34.8802 30.8082 4.0720 x DCTET     16                                
49 10-382 79 30.0578 28.2124 1.8453     PSMD3ex1in1 RNase P 16 1.61 2 0.84 0.11 2 2 29.8248 27.9942 1.8306 0.02 0.31 0.81 1.59 1.63 0.03
50 10-382 91 29.5918 27.7760 1.8159         16                                
51 10-385 103 29.2668 26.8618 2.4049     PSMD3ex1in1 RNase P 16 1.07 1 < 0.50 0.44 2 2 29.1243 26.7066 2.4176 0.02 0.90 0.54 1.06 1.08 0.02
52 10-385 115 28.9818 26.5514 2.4303         16                                
53 10-386T 127 29.4040 27.5091 1.8949     PSMD3ex1in1 RNase P 16 1.64 2 0.85 0.07 2 2 29.2635 27.4622 1.8012 0.13 0.28 0.82 1.54 1.75 0.21
54 10-386T 139 29.1229 27.4153 1.7076         16                                
55 10-390 151 27.2168 25.5773 1.6395     PSMD3ex1in1 RNase P 16 1.77 2 0.83 0.05 2 2 27.1334 25.4418 1.6916 0.07 0.17 0.89 1.71 1.84 0.13
56 10-390 163 27.0499 25.3062 1.7436         16                                
57 10-391 175 28.6236 27.4765 1.1471     PSMD3ex1in1 RNase P 16 2.96 3 < 0.50 0.11 2 2 28.4936 27.5433 0.9503 0.28 -0.57 1.48 2.59 3.40 0.81
58 10-391 187 28.3636 27.6101 0.7534         16                                
59 10-393 199 28.5905 28.5566 0.0340     PSMD3ex1in1 RNase P 16 5.57 6 < 0.50 0.11 2 2 28.0183 27.9784 0.0399 0.01 -1.48 2.79 5.55 5.60 0.05
60 10-393 211 27.4461 27.4003 0.0458         16                                
61 10-396 223 30.1207 27.6175 2.5032     PSMD3ex1in1 RNase P 16 1.13 1 < 0.50 0.79 2 2 30.0667 27.7193 2.3474 0.22 0.83 0.56 1.01 1.25 0.24
62 10-396 235 30.0127 27.8211 2.1916         16                                
63 10-398 247 undetermined undetermined undetermined x NOVIC PSMD3ex1in1 RNase P 16         2                    
64 10-398 259 undetermined undetermined undetermined x NOVIC     16                                
65 10-402b 271 29.5785 27.7787 1.7998     PSMD3ex1in1 RNase P 16 1.59 2 0.84 0.08 2 2 29.4161 27.5667 1.8494 0.07 0.33 0.79 1.54 1.65 0.11
66 10-402b 283 29.2538 27.3547 1.8991         16                                
67 10-404 295 28.4958 28.7421 -0.2463     PSMD3ex1in1 RNase P 16 6.47 6 < 0.50 0.15 2 2 28.3857 28.5613 -0.1756 0.10 -1.69 3.24 6.16 6.80 0.63
68 10-404 307 28.2755 28.3804 -0.1048         16                                
69 10-406 319 29.0706 27.3870 1.6836     PSMD3ex1in1 RNase P 16 1.71 2 0.85 0.06 2 2 28.7995 27.0585 1.7411 0.08 0.22 0.86 1.65 1.78 0.14
70 10-406 331 28.5285 26.7299 1.7986         16                                
71 DNActrl 367 26.5427 24.8878 1.6549     PSMD3ex1in1 RNase P 16 2.00 2 0.77 0.13 2 2 26.2743 24.7561 1.5182 0.19 0.00 1.00 1.82 2.20 0.38
72 DNActrl 379 26.0060 24.6245 1.3815         16                                
73 NTC 343 undetermined undetermined undetermined x NTC PSMD3ex1in1 RNase P 16         2                    
74 NTC 355 undetermined undetermined undetermined x NTC     16