Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin10ex10/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin10ex10/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120917_1000_3rdset_pl1_01_2.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in10ex10                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120917_1000_3rdset_pl1_01_2                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/17/12 2:08:05 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 30                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 1                                                    
26 - 2 Copies: 6                                                    
27 - 3 Copies: 10                                                    
28 - 4 Copies: 9                                                    
29 - 5 Copies: 2                                                    
30 - 6 Copies: 1                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 4                                                    
33 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 2                                                    
34 - Negative control sample well: 2                                                    
35                                                      
36 Delta Ct variance: 0.1409                                                    
37                                                      
38                                                      
39 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
40 10-001 2 33.9493 34.6543 -0.7051 x VICET SMARCE1in10ex10 RNase P 1         2                    
41 10-001 8 33.6502 33.1846 0.4656 x VICET     1                                
42 10-004 26 29.9639 29.9893 -0.0253     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.88 3 0.60 0.06 2 2 29.6214 29.6148 0.0066 0.05 -0.53 1.44 2.82 2.95 0.13
43 10-004 32 29.2788 29.2404 0.0385         1                                
44 10-008 50 24.8134 24.4777 0.3357     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.22 2 < 0.50 0.61 2 2 24.7926 24.4110 0.3816 0.06 -0.15 1.11 2.15 2.29 0.14
45 10-008 56 24.7718 24.3443 0.4274         1                                
46 10-009b 74 28.0316 28.7748 -0.7432     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 5.71 6 < 0.50 0.10 2 2 27.6810 28.6617 -0.9807 0.34 -1.51 2.86 4.85 6.74 1.89
47 10-009b 80 27.3303 28.5485 -1.2183         1                                
48 10-010 98 28.5115 29.1071 -0.5956     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 4.10 4 0.57 0.06 2 2 28.6662 29.1686 -0.5025 0.13 -1.04 2.05 3.85 4.38 0.53
49 10-010 104 28.8208 29.2302 -0.4094         1                                
50 10-012 122 27.6237 27.1946 0.4291     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.51 3 < 0.50 0.25 2 2 27.6414 27.4344 0.2070 0.31 -0.33 1.25 2.15 2.93 0.78
51 10-012 128 27.6591 27.6743 -0.0152         1                                
52 10-015 146 26.8142 26.9497 -0.1355     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.29 3 < 0.50 0.34 2 2 26.9825 27.1685 -0.1860 0.07 -0.72 1.65 3.18 3.41 0.23
53 10-015 152 27.1507 27.3872 -0.2364         1                                
54 10-016 170 25.5894 26.0048 -0.4154     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 4.21 4 0.55 0.09 2 2 25.5789 26.1197 -0.5408 0.18 -1.07 2.11 3.86 4.59 0.73
55 10-016 176 25.5684 26.2347 -0.6663         1                                
56 10-017 194 28.9142 28.4484 0.4659     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 1.71 2 0.81 0.11 2 2 28.8846 28.1278 0.7568 0.41 0.22 0.86 1.40 2.10 0.70
57 10-017 200 28.8549 27.8072 1.0477         1                                
58 10-020 218 27.4330 27.1742 0.2588     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.98 3 < 0.50 0.08 2 2 27.3046 27.3479 -0.0433 0.43 -0.58 1.49 2.42 3.68 1.26
59 10-020 224 27.1761 27.5216 -0.3454         1                                
60 10-022T 242 29.3200 29.5793 -0.2593     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.75 4 < 0.50 0.07 2 2 29.4540 29.8281 -0.3741 0.16 -0.91 1.88 3.47 4.06 0.60
61 10-022T 248 29.5880 30.0768 -0.4888         1                                
62 10-024 266 27.7142 28.0207 -0.3065     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.31 3 < 0.50 0.38 2 2 27.5084 27.7002 -0.1918 0.16 -0.73 1.65 3.05 3.58 0.53
63 10-024 272 27.3026 27.3798 -0.0772         1                                
64 10-026 290 26.8285 27.2841 -0.4556     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 4.12 4 0.60 0.07 2 2 27.1343 27.6443 -0.5099 0.08 -1.04 2.06 3.97 4.28 0.31
65 10-026 296 27.4401 28.0044 -0.5643         1                                
66 10-029 314 28.3390 29.0704 -0.7314     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 4.79 5 < 0.50 0.06 2 2 27.9271 28.6547 -0.7276 0.01 -1.26 2.40 4.78 4.81 0.02
67 10-029 320 27.5152 28.2390 -0.7239         1                                
68 10-030 14 29.5760 29.0422 0.5337     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 1.91 2 0.60 0.08 2 2 29.5962 28.9929 0.6033 0.10 0.07 0.95 1.82 2.00 0.18
69 10-030 20 29.6164 28.9435 0.6729         1                                
70 10-032 38 26.7303 26.3292 0.4011     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.25 2 < 0.50 0.60 2 2 26.5973 26.2322 0.3651 0.05 -0.17 1.12 2.19 2.30 0.11
71 10-032 44 26.4643 26.1352 0.3291         1                                
72 10-033 62 25.6896 26.2085 -0.5189     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 4.77 5 < 0.50 0.05 2 2 26.0673 26.7879 -0.7206 0.29 -1.25 2.39 4.15 5.49 1.34
73 10-033 68 26.4450 27.3673 -0.9222         1                                
74 10-034 86 27.5910 28.0490 -0.4581     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.65 4 < 0.50 0.10 2 2 27.2882 27.6214 -0.3331 0.18 -0.87 1.82 3.34 3.98 0.63
75 10-034 92 26.9855 27.1937 -0.2082         1                                
76 10-035 110 28.6298 28.5321 0.0978     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.68 3 0.57 0.08 2 2 28.7729 28.6612 0.1118 0.02 -0.42 1.34 2.65 2.71 0.05
77 10-035 116 28.9160 28.7903 0.1257         1                                
78 10-037 134 28.3882 28.5481 -0.1599     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.63 4 < 0.50 0.12 2 2 28.4616 28.7865 -0.3249 0.23 -0.86 1.81 3.23 4.07 0.83
79 10-037 140 28.5349 29.0248 -0.4899         1                                
80 10-039b 158 27.4536 27.8530 -0.3994     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 4.07 4 0.63 0.06 2 2 27.2085 27.6991 -0.4906 0.13 -1.02 2.03 3.82 4.33 0.51
81 10-039b 164 26.9633 27.5452 -0.5819         1                                
82 10-041 182 28.8220 28.7561 0.0659     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.47 2 < 0.50 1.30 2 2 28.6716 28.4396 0.2320 0.23 -0.30 1.23 2.20 2.77 0.57
83 10-041 188 28.5212 28.1230 0.3981         1                                
84 10-043 206 27.8035 28.2732 -0.4697     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.65 4 < 0.50 0.13 2 2 27.6450 27.9804 -0.3354 0.19 -0.87 1.83 3.33 4.01 0.68
85 10-043 212 27.4865 27.6875 -0.2011         1                                
86 10-045 230 28.2602 28.0973 0.1630     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.67 3 0.65 0.19 2 2 28.1836 28.0670 0.1166 0.07 -0.42 1.34 2.59 2.76 0.17
87 10-045 236 28.1070 28.0367 0.0702         1                                
88 10-046 254 25.7484 25.5677 0.1807     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.57 3 < 0.50 0.23 2 2 25.7141 25.5396 0.1745 0.01 -0.36 1.28 2.55 2.58 0.02
89 10-046 260 25.6798 25.5115 0.1683         1                                
90 10-049 278 27.1266 27.4963 -0.3697     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.81 4 < 0.50 0.05 2 2 26.6851 27.0795 -0.3943 0.03 -0.93 1.90 3.74 3.87 0.13
91 10-049 284 26.2437 26.6627 -0.4190         1                                
92 10-052 302 26.9221 26.9947 -0.0726     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.05 3 < 0.50 0.10 2 2 26.8715 26.9448 -0.0733 0.00 -0.61 1.52 3.04 3.05 0.00
93 10-052 308 26.8208 26.8949 -0.0740         1                                
94 10-054 326 29.6398 29.7058 -0.0660     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 3.20 3 < 0.50 0.21 2 2 29.3098 29.4554 -0.1457 0.11 -0.68 1.60 3.03 3.38 0.35
95 10-054 332 28.9797 29.2050 -0.2254         1                                
96 DNActrl 374 24.2458 23.7182 0.5276     SMARCE1in10ex10 RNase P 1 2.00 2 < 0.50 0.06 2 2 24.2119 23.6782 0.5337 0.01 0.00 1.00 1.99 2.01 0.02
97 DNActrl 380 24.1780 23.6381 0.5399         1                                
98 NTC 350 undetermined undetermined undetermined x NTC SMARCE1in10ex10 RNase P 1         2                    
99 NTC 356 undetermined undetermined undetermined x NTC     1