Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin10ex10/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin10ex10/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120920_1000_3rdset_pl10_01.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in10ex10                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120920_1000_3rdset_pl10_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/20/12 2:29:04 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 32                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 2                                                    
26 - 2 Copies: 6                                                    
27 - 3 Copies: 11                                                    
28 - 4 Copies: 7                                                    
29 - 5 Copies: 3                                                    
30 - 6 Copies: 2                                                    
31                                                      
32 Total number of wells omitted from analysis: 8                                                    
33 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 5                                                    
34 - Outlier determined by the software: 1                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37 Delta Ct variance: 0.1566                                                    
38                                                      
39                                                      
40 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
41 10-497 374 28.2368 28.7044 -0.4677     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 3.76 4 < 0.50 0.19 2 2 28.2532 28.6704 -0.4172 0.07 -0.91 1.88 3.63 3.90 0.26
42 10-497 380 28.2696 28.6364 -0.3667         10                                
43 10-533 2 26.8668 26.8434 0.0234     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.77 3 0.85 0.08 2 2 27.2402 27.2152 0.0250 0.00 -0.47 1.38 2.77 2.77 0.01
44 10-533 8 27.6137 27.5871 0.0266         10                                
45 10-534 26 33.0423 34.0483 -1.0060 x VICET SMARCE1in10ex10 RNase P 10         2                    
46 10-534 32 33.6732 33.5904 0.0827 x VICET     10                                
47 10-536T 50 32.8943 33.3330 -0.4388 x VICET SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.06 2 < 0.50 0.13 2 1 32.8299 32.3815 0.4484 0.00 -0.05 1.03 2.06 2.06 0.00
48 10-536T 56 32.8299 32.3815 0.4484         10                                
49 10-540 74 28.4006 27.9646 0.4360     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.20 2 < 0.50 0.32 2 2 28.2943 27.9377 0.3566 0.11 -0.14 1.10 2.08 2.32 0.24
50 10-540 80 28.1879 27.9107 0.2772         10                                
51 10-541 98 27.8597 28.2857 -0.4260     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 3.49 3 < 0.50 0.52 2 2 27.7270 28.0361 -0.3091 0.17 -0.80 1.74 3.22 3.78 0.57
52 10-541 104 27.5943 27.7865 -0.1921         10                                
53 10-543 122 29.4120 29.7386 -0.3266     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 3.62 4 < 0.50 0.24 2 2 29.1268 29.4882 -0.3614 0.05 -0.86 1.81 3.53 3.71 0.17
54 10-543 128 28.8416 29.2379 -0.3963         10                                
55 10-544 146 32.4147 33.5202 -1.1055 x VICET SMARCE1in10ex10 RNase P 10         2                    
56 10-544 152 31.8810 33.0248 -1.1437 x VICET     10                                
57 10-550 170 29.1861 29.1435 0.0426     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.70 3 0.79 0.11 2 2 29.3078 29.2481 0.0597 0.02 -0.43 1.35 2.67 2.73 0.06
58 10-550 176 29.4295 29.3527 0.0768         10                                
59 10-551 194 28.7306 29.3160 -0.5854     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 4.85 5 < 0.50 0.07 2 2 28.6185 29.4017 -0.7831 0.28 -1.28 2.42 4.23 5.56 1.33
60 10-551 200 28.5065 29.4873 -0.9808         10                                
61 10-553 218 27.6217 27.5013 0.1204     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.54 3 < 0.50 0.50 2 2 27.5911 27.4391 0.1520 0.04 -0.34 1.27 2.48 2.59 0.11
62 10-553 224 27.5604 27.3770 0.1835         10                                
63 10-555 242 28.6042 29.2007 -0.5965     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 4.10 4 0.50 0.04 2 2 28.9173 29.4593 -0.5420 0.08 -1.04 2.05 3.95 4.26 0.31
64 10-555 248 29.2304 29.7178 -0.4874         10                                
65 10-556 266 30.5018 30.5668 -0.0650     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.89 3 0.79 0.04 2 2 30.5177 30.5550 -0.0373 0.04 -0.53 1.45 2.84 2.95 0.11
66 10-556 272 30.5335 30.5432 -0.0096         10                                
67 10-560 290 28.3539 28.4428 -0.0889     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 3.14 3 0.57 0.08 2 2 28.0786 28.2365 -0.1579 0.10 -0.65 1.57 3.00 3.30 0.30
68 10-560 296 27.8034 28.0302 -0.2268         10                                
69 10-561 314 31.7424 32.5062 -0.7638     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 4.68 5 < 0.50 0.10 2 2 31.8932 32.6260 -0.7328 0.04 -1.23 2.34 4.58 4.78 0.20
70 10-561 320 32.0440 32.7458 -0.7018         10                                
71 10-563 14 28.7104 28.4500 0.2605     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.45 2 < 0.50 1.37 2 2 28.5787 28.3775 0.2012 0.08 -0.29 1.23 2.35 2.55 0.20
72 10-563 20 28.4469 28.3051 0.1419         10                                
73 10-564 38 29.4049 30.0417 -0.6368     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 4.09 4 0.56 0.05 2 2 29.2332 29.7724 -0.5392 0.14 -1.03 2.05 3.83 4.38 0.55
74 10-564 44 29.0616 29.5032 -0.4416         10                                
75 10-565T 62 28.6865 29.2428 -0.5562     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 4.28 4 < 0.50 0.11 2 2 28.8550 29.4583 -0.6033 0.07 -1.10 2.14 4.14 4.42 0.28
76 10-565T 68 29.0235 29.6738 -0.6503         10                                
77 10-570 86 27.2518 28.4484 -1.1966     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 5.76 6 < 0.50 0.09 2 2 27.4217 28.4538 -1.0321 0.23 -1.53 2.88 5.14 6.46 1.32
78 10-570 92 27.5916 28.4592 -0.8676         10                                
79 10-574 110 27.5804 27.2424 0.3379     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.64 3 < 0.50 0.14 2 2 27.4430 27.3475 0.0955 0.34 -0.40 1.32 2.23 3.12 0.89
80 10-574 116 27.3056 27.4526 -0.1470         10                                
81 10-576 134 30.0782 30.9394 -0.8612     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 4.28 4 < 0.50 0.09 2 2 30.2593 30.8625 -0.6033 0.36 -1.10 2.14 3.58 5.12 1.54
82 10-576 140 30.4403 30.7856 -0.3453         10                                
83 10-585T 158 29.1302 29.3190 -0.1888     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 3.33 3 < 0.50 0.24 2 2 29.0148 29.2574 -0.2425 0.08 -0.74 1.67 3.21 3.46 0.25
84 10-585T 164 28.8995 29.1957 -0.2962         10                                
85 10-586 182 31.3500 32.2362 -0.8862     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 5.54 6 < 0.50 0.22 2 2 31.4139 32.3907 -0.9768 0.13 -1.47 2.77 5.21 5.90 0.70
86 10-586 188 31.4777 32.5452 -1.0675         10                                
87 10-587 206 28.3526 28.5817 -0.2291     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 3.28 3 < 0.50 0.31 2 2 28.2516 28.4729 -0.2214 0.01 -0.72 1.64 3.27 3.30 0.04
88 10-587 212 28.1505 28.3641 -0.2136         10                                
89 10-588a 230 27.3724 27.5508 -0.1784     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.91 3 0.74 0.04 2 2 27.4726 27.5188 -0.0462 0.19 -0.54 1.45 2.65 3.19 0.53
90 10-588a 236 27.5728 27.4869 0.0859         10                                
91 10-589 254 27.6141 27.8373 -0.2232     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.97 3 0.65 0.04 2 2 27.6661 27.7439 -0.0778 0.21 -0.57 1.49 2.69 3.29 0.60
92 10-589 260 27.7181 27.6505 0.0676         10                                
93 10-591 278 28.7745 29.1710 -0.3964     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 3.79 4 < 0.50 0.06 2 2 28.6776 29.1039 -0.4263 0.04 -0.92 1.89 3.71 3.86 0.16
94 10-591 284 28.5807 29.0369 -0.4563         10                                
95 10-593 302 31.3946 32.2650 -0.8704     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 5.15 5 < 0.50 0.08 2 1 31.3946 32.2650 -0.8704 0.00 -1.36 2.57 5.15 5.15 0.00
96 10-593 308 31.7734 31.1824 0.5910 x OCONF     10                                
97 10-595 326 27.3775 27.0294 0.3481     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.32 2 < 0.50 0.41 2 2 27.4478 27.1658 0.2820 0.09 -0.21 1.16 2.21 2.43 0.21
98 10-595 332 27.5182 27.3022 0.2160         10                                
99 10-596 350 26.9477 26.7394 0.2083     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.49 2 < 0.50 1.37 2 2 26.9076 26.7303 0.1773 0.04 -0.32 1.25 2.44 2.55 0.11
100 10-596 356 26.8675 26.7213 0.1462         10                                
101 DNActrl 362 24.6091 24.2964 0.3126     SMARCE1in10ex10 RNase P 10 2.00 2 0.57 0.06 2 2 24.6810 24.1870 0.4940 0.26 0.00 1.00 1.76 2.27 0.50
102 DNActrl 368 24.7530 24.0775 0.6755         10                                
103 NTC 338 undetermined undetermined undetermined x NTC SMARCE1in10ex10 RNase P 10         2                    
104 NTC 344 undetermined undetermined undetermined x NTC     10