Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin10ex10/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin10ex10/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120918_1000_3rdset_pl5_01.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in10ex10                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120918_1000_3rdset_pl5_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/18/12 2:42:52 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 32                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 2                                                    
26 - 2 Copies: 3                                                    
27 - 3 Copies: 16                                                    
28 - 4 Copies: 5                                                    
29 - 5 Copies: 3                                                    
30 - 8 Copies: 1                                                    
31 > 10 Copies: 1                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 6                                                    
34 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 4                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37 Delta Ct variance: 0.1242                                                    
38                                                      
39                                                      
40 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
41 10-234 2 34.6447 35.8868 -1.2421 x VICET SMARCE1in10ex10 RNase P 5         2                    
42 10-234 8 33.9026 35.2059 -1.3033 x VICET     5                                
43 10-235 26 33.6253 37.3701 -3.7448 x VICET SMARCE1in10ex10 RNase P 5         2                    
44 10-235 32 34.4531 35.2827 -0.8296 x VICET     5                                
45 10-237b 50 28.1488 27.9765 0.1723     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.00 3 0.72 0.11 2 2 28.0654 27.9177 0.1477 0.03 -0.59 1.50 2.95 3.05 0.10
46 10-237b 56 27.9821 27.8590 0.1231         5                                
47 10-238 74 27.4064 26.9999 0.4065     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.11 3 0.57 0.12 2 2 26.8535 26.7566 0.0969 0.44 -0.64 1.55 2.51 3.85 1.34
48 10-238 80 26.3006 26.5133 -0.2127         5                                
49 10-239 98 29.3433 29.0981 0.2452     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.36 3 < 0.50 0.27 2 2 29.1761 29.1895 -0.0134 0.37 -0.75 1.68 2.81 4.01 1.21
50 10-239 104 29.0089 29.2809 -0.2719         5                                
51 10-240 122 29.5827 29.1506 0.4321     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.72 3 0.68 0.09 2 2 29.2209 28.9324 0.2885 0.20 -0.44 1.36 2.46 3.01 0.54
52 10-240 128 28.8591 28.7143 0.1449         5                                
53 10-241 146 27.9778 29.1731 -1.1953     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 8.19 8 < 0.50 0.13 2 2 27.8444 29.1452 -1.3008 0.15 -2.03 4.10 7.61 8.81 1.20
54 10-241 152 27.7110 29.1172 -1.4063         5                                
55 10-245 170 28.2957 27.9185 0.3771     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.62 3 0.55 0.33 2 2 28.2395 27.8954 0.3440 0.05 -0.39 1.31 2.56 2.68 0.12
56 10-245 176 28.1833 27.8723 0.3109         5                                
57 10-246 194 29.4184 29.2274 0.1909     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.03 3 0.73 0.08 2 2 29.0260 28.8924 0.1336 0.08 -0.60 1.52 2.91 3.15 0.24
58 10-246 200 28.6337 28.5573 0.0763         5                                
59 10-249 218 27.7610 27.4839 0.2772     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.78 3 0.63 0.14 2 2 27.4893 27.2320 0.2573 0.03 -0.48 1.39 2.74 2.82 0.08
60 10-249 224 27.2176 26.9802 0.2374         5                                
61 10-251 242 27.2614 29.3370 -2.0755     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 14.55 15 < 0.50 0.13 2 2 26.8636 28.9935 -2.1299 0.08 -2.86 7.28 14.01 15.11 1.10
62 10-251 248 26.4658 28.6501 -2.1844         5                                
63 10-252 266 27.1205 26.6804 0.4401     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.88 3 0.68 0.08 2 2 27.3680 27.1607 0.2073 0.33 -0.53 1.44 2.45 3.38 0.93
64 10-252 272 27.6155 27.6410 -0.0255         5                                
65 10-254 290 26.9347 26.9618 -0.0271     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.44 3 < 0.50 0.52 2 2 26.6618 26.7107 -0.0488 0.03 -0.78 1.72 3.39 3.49 0.10
66 10-254 296 26.3889 26.4595 -0.0705         5                                
67 10-255 314 28.2557 28.3659 -0.1103     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.58 4 < 0.50 0.15 2 2 28.2205 28.3290 -0.1085 0.00 -0.84 1.79 3.58 3.59 0.01
68 10-255 320 28.1854 28.2921 -0.1067         5                                
69 10-256 338 28.2709 28.5070 -0.2361     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 4.11 4 < 0.50 0.08 2 2 28.2279 28.5337 -0.3058 0.10 -1.04 2.05 3.92 4.31 0.40
70 10-256 344 28.1850 28.5604 -0.3754         5                                
71 10-257 362 27.7235 27.7867 -0.0632     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.53 4 < 0.50 0.28 2 2 27.3107 27.3961 -0.0853 0.03 -0.82 1.76 3.47 3.58 0.11
72 10-257 368 26.8980 27.0055 -0.1075         5                                
73 10-258 14 28.1320 27.6621 0.4699     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.47 2 < 0.50 0.75 2 2 27.3857 26.9574 0.4284 0.06 -0.30 1.24 2.40 2.54 0.14
74 10-258 20 26.6395 26.2526 0.3868         5                                
75 10-259 38 28.6674 28.5180 0.1494     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.69 4 < 0.50 0.13 2 2 28.1009 28.2528 -0.1519 0.43 -0.89 1.85 3.00 4.55 1.55
76 10-259 44 27.5344 27.9876 -0.4532         5                                
77 10-260 62 27.4438 27.7940 -0.3502     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.98 4 < 0.50 0.09 2 2 27.4004 27.6593 -0.2589 0.13 -0.99 1.99 3.73 4.24 0.50
78 10-260 68 27.3570 27.5246 -0.1676         5                                
79 10-264 86 31.7316 30.8424 0.8892     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.29 2 < 0.50 0.31 2 2 30.9712 30.4314 0.5398 0.49 -0.19 1.14 1.80 2.91 1.12
80 10-264 92 30.2108 30.0204 0.1904         5                                
81 10-266 110 29.4679 29.2261 0.2418     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.33 3 < 0.50 0.29 2 2 29.6574 29.6609 -0.0035 0.35 -0.74 1.67 2.81 3.95 1.14
82 10-266 116 29.8469 30.0957 -0.2488         5                                
83 10-267 134 29.5203 28.9740 0.5463     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.82 3 0.65 0.14 2 2 29.2030 28.9636 0.2394 0.43 -0.49 1.41 2.28 3.48 1.21
84 10-267 140 28.8856 28.9531 -0.0675         5                                
85 10-268 158 29.3632 29.2298 0.1333     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.16 3 0.58 0.12 2 2 29.5335 29.4624 0.0711 0.09 -0.66 1.58 3.03 3.30 0.27
86 10-268 164 29.7038 29.6949 0.0089         5                                
87 10-270 182 29.0396 28.9776 0.0620     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.00 3 0.70 0.09 2 2 28.8949 28.7477 0.1472 0.12 -0.59 1.50 2.83 3.18 0.35
88 10-270 188 28.7501 28.5178 0.2323         5                                
89 10-272T 206 27.7786 27.8567 -0.0782     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.97 3 0.67 0.13 2 2 27.6997 27.5358 0.1639 0.34 -0.57 1.48 2.51 3.51 1.00
90 10-272T 212 27.6208 27.2149 0.4059         5                                
91 10-273 230 28.3973 29.4457 -1.0484     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 5.08 5 < 0.50 0.17 2 2 29.0351 29.6479 -0.6128 0.62 -1.35 2.54 3.76 6.88 3.12
92 10-273 236 29.6728 29.8501 -0.1773         5                                
93 10-275 254 29.4309 30.0490 -0.6181     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 4.61 5 < 0.50 0.21 2 2 29.1930 29.6651 -0.4720 0.21 -1.21 2.31 4.17 5.10 0.94
94 10-275 260 28.9552 29.2812 -0.3260         5                                
95 10-276 278 28.2437 28.1120 0.1317     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 3.03 3 0.61 0.13 2 2 28.4571 28.3216 0.1355 0.01 -0.60 1.51 3.02 3.03 0.02
96 10-276 284 28.6706 28.5312 0.1393         5                                
97 10-277 302 28.3986 27.9649 0.4337     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.68 3 0.61 0.14 2 2 28.1945 27.8814 0.3131 0.17 -0.42 1.34 2.46 2.91 0.45
98 10-277 308 27.9904 27.7979 0.1925         5                                
99 10-280 326 30.4734 30.6345 -0.1611     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 4.50 5 < 0.50 0.22 2 2 30.1634 30.6008 -0.4374 0.39 -1.17 2.25 3.72 5.45 1.74
100 10-280 332 29.8534 30.5671 -0.7137         5                                
101 DNActrl 374 24.8402 24.2169 0.6234     SMARCE1in10ex10 RNase P 5 2.00 2 < 0.50 0.14 2 2 24.5787 23.8454 0.7333 0.16 0.00 1.00 1.85 2.16 0.31
102 DNActrl 380 24.3171 23.4739 0.8432         5                                
103 NTC 350 undetermined undetermined undetermined x NTC SMARCE1in10ex10 RNase P 5         2                    
104 NTC 356 undetermined undetermined undetermined x NTC     5