Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120920_1000_3rdset_pl10_01.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in3ex3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120920_1000_3rdset_pl10_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/20/12 2:29:04 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 32                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 2                                                    
26 - 1 Copy: 9                                                    
27 - 2 Copies: 16                                                    
28 - 3 Copies: 3                                                    
29 - 4 Copies: 1                                                    
30                                                      
31 Total number of wells omitted from analysis: 7                                                    
32 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 5                                                    
33 - Negative control sample well: 2                                                    
34                                                      
35 Delta Ct variance: 0.2533                                                    
36                                                      
37                                                      
38 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
39 10-497 373 29.8185 28.9726 0.8459     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.89 2 0.69 0.10 2 2 29.5096 28.9455 0.5641 0.40 0.08 0.95 1.56 2.30 0.74
40 10-497 379 29.2007 28.9184 0.2824         10                                
41 10-533 1 27.4413 27.1445 0.2968     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.65 2 < 0.50 0.13 2 2 28.1719 27.4059 0.7660 0.66 0.28 0.82 1.19 2.28 1.09
42 10-533 7 28.9026 27.6673 1.2353         10                                
43 10-534 25 35.9673 33.1427 2.8247 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 10         2                    
44 10-534 31 36.1628 34.3858 1.7770 x VICET     10                                
45 10-536T 49 38.0922 33.8018 4.2905 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 10         2                    
46 10-536T 55 37.6400 33.4374 4.2026 x VICET     10                                
47 10-540 73 28.8805 27.8079 1.0726     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.22 1 < 0.50 0.45 2 2 29.2635 28.0637 1.1998 0.18 0.71 0.61 1.12 1.33 0.22
48 10-540 79 29.6465 28.3194 1.3271         10                                
49 10-541 97 28.0707 28.1245 -0.0539     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 3.95 4 < 0.50 0.12 2 2 27.6241 28.1219 -0.4978 0.63 -0.98 1.98 2.91 5.38 2.47
50 10-541 103 27.1775 28.1192 -0.9417         10                                
51 10-543 121 30.5036 29.9747 0.5289     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.80 2 0.68 0.09 2 2 30.5503 29.9091 0.6412 0.16 0.16 0.90 1.66 1.94 0.28
52 10-543 127 30.5970 29.8435 0.7535         10                                
53 10-544 145 33.0086 32.0578 0.9508     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.17 1 < 0.50 0.21 2 2 33.4773 32.2243 1.2530 0.43 0.77 0.59 0.95 1.45 0.50
54 10-544 151 33.9460 32.3909 1.5552         10                                
55 10-550 169 32.7093 30.0648 2.6445     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 0.55 1 0.99 1.29 2 2 32.4917 30.1430 2.3487 0.42 1.86 0.27 0.45 0.67 0.23
56 10-550 175 32.2742 30.2212 2.0530         10                                
57 10-551 193 30.0740 29.0027 1.0713     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.63 2 0.50 0.18 2 2 30.0525 29.2697 0.7827 0.41 0.30 0.81 1.33 1.99 0.66
58 10-551 199 30.0309 29.5367 0.4941         10                                
59 10-553 217 28.5962 27.4449 1.1514     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.15 1 < 0.50 0.33 2 2 28.9982 27.7119 1.2863 0.19 0.80 0.57 1.05 1.26 0.22
60 10-553 223 29.4002 27.9790 1.4212         10                                
61 10-555 241 30.1213 29.8479 0.2733     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 2.11 2 0.58 0.12 2 2 30.2635 29.8584 0.4051 0.19 -0.08 1.06 1.93 2.32 0.39
62 10-555 247 30.4056 29.8688 0.5368         10                                
63 10-556 265 30.9225 30.2276 0.6949     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.64 2 0.59 0.11 2 2 31.0704 30.3014 0.7690 0.10 0.28 0.82 1.56 1.73 0.17
64 10-556 271 31.2183 30.3751 0.8432         10                                
65 10-560 289 28.8621 28.2654 0.5967     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.93 2 0.70 0.07 2 2 28.9176 28.3776 0.5400 0.08 0.05 0.96 1.85 2.00 0.15
66 10-560 295 28.9731 28.4897 0.4834         10                                
67 10-561 313 33.9563 32.6924 1.2638     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.17 1 < 0.50 0.24 2 1 33.9563 32.6924 1.2638 0.00 0.78 0.58 1.17 1.17 0.00
68 10-561 319 35.0365 33.3205 1.7160 x VICET     10                                
69 10-563 13 29.4731 28.2830 1.1900     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.36 1 < 0.50 0.86 2 2 29.4732 28.4349 1.0383 0.21 0.55 0.68 1.23 1.51 0.29
70 10-563 19 29.4734 28.5868 0.8866         10                                
71 10-564 37 30.0987 29.7951 0.3036     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.84 2 0.69 0.06 2 2 30.8266 30.2221 0.6045 0.43 0.12 0.92 1.49 2.27 0.77
72 10-564 43 31.5544 30.6491 0.9053         10                                
73 10-565T 61 29.3474 29.8168 -0.4694     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 3.39 3 < 0.50 0.19 2 2 29.3216 29.5964 -0.2748 0.28 -0.76 1.69 2.96 3.88 0.92
74 10-565T 67 29.2959 29.3761 -0.0802         10                                
75 10-570 85 28.3914 28.4426 -0.0512     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 3.14 3 < 0.50 0.23 2 2 28.5559 28.7231 -0.1671 0.16 -0.65 1.57 2.90 3.41 0.51
76 10-570 91 28.7205 29.0035 -0.2830         10                                
77 10-574 109 28.6529 27.3159 1.3370     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.27 1 < 0.50 0.48 2 2 28.6534 27.5118 1.1416 0.28 0.66 0.63 1.11 1.45 0.34
78 10-574 115 28.6539 27.7077 0.9462         10                                
79 10-576 133 30.6719 30.4463 0.2256     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 2.24 2 0.58 0.16 2 2 31.1903 30.8708 0.3195 0.13 -0.17 1.12 2.10 2.39 0.29
80 10-576 139 31.7086 31.2952 0.4134         10                                
81 10-585T 157 30.4672 29.6076 0.8596     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.20 1 < 0.50 0.17 2 2 30.8438 29.6239 1.2199 0.51 0.73 0.60 0.94 1.54 0.61
82 10-585T 163 31.2204 29.6403 1.5802         10                                
83 10-586 181 32.5172 32.8254 -0.3082     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.85 2 < 0.50 0.20 2 2 33.2697 32.6721 0.5977 1.28 0.11 0.93 0.99 3.47 2.48
84 10-586 187 34.0222 32.5187 1.5035         10                                
85 10-587 205 30.1821 28.8564 1.3257     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.12 1 < 0.50 0.19 2 2 30.0994 28.7727 1.3267 0.00 0.84 0.56 1.12 1.12 0.00
86 10-587 211 30.0166 28.6889 1.3277         10                                
87 10-588a 229 27.8618 27.2696 0.5921     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.61 2 0.52 0.16 2 2 28.4144 27.6198 0.7946 0.29 0.31 0.81 1.40 1.86 0.45
88 10-588a 235 28.9670 27.9699 0.9971         10                                
89 10-589 253 28.5118 27.8430 0.6688     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.57 2 < 0.50 0.21 2 2 28.5207 27.6818 0.8389 0.24 0.35 0.78 1.39 1.76 0.37
90 10-589 259 28.5295 27.5205 1.0090         10                                
91 10-591 277 29.9888 29.8570 0.1318     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 2.15 2 0.55 0.09 2 2 30.0844 29.7065 0.3780 0.35 -0.11 1.08 1.82 2.56 0.74
92 10-591 283 30.1801 29.5559 0.6242         10                                
93 10-593 301 31.8112 32.0402 -0.2289     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 2.50 3 < 0.50 0.11 2 2 32.1648 32.0027 0.1622 0.55 -0.32 1.25 1.91 3.28 1.37
94 10-593 307 32.5184 31.9651 0.5532         10                                
95 10-595 325 27.5965 27.0987 0.4978     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 2.03 2 0.58 0.07 2 2 27.8811 27.4191 0.4620 0.05 -0.02 1.02 1.98 2.08 0.10
96 10-595 331 28.1657 27.7395 0.4261         10                                
97 10-596 349 27.5632 26.8776 0.6856     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 1.88 2 0.67 0.11 2 2 27.4044 26.8311 0.5733 0.16 0.09 0.94 1.74 2.03 0.29
98 10-596 355 27.2455 26.7846 0.4609         10                                
99 DNActrl 361 24.7431 24.3171 0.4260     SMARCE1in3ex3 RNase P 10 2.00 2 0.63 0.14 2 2 24.9775 24.4920 0.4854 0.08 0.00 1.00 1.92 2.08 0.16
100 DNActrl 367 25.2119 24.6670 0.5448         10                                
101 NTC 337 undetermined undetermined undetermined x NTC SMARCE1in3ex3 RNase P 10         2                    
102 NTC 343 undetermined undetermined undetermined x NTC     10