Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120920_1000_3rdset_pl11_01.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in3ex3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120920_1000_3rdset_pl11_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/20/12 4:23:11 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 32                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 4                                                    
26 - 1 Copy: 7                                                    
27 - 2 Copies: 15                                                    
28 - 3 Copies: 4                                                    
29 - 4 Copies: 1                                                    
30                                                      
31 Total number of wells omitted from analysis: 11                                                    
32 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 9                                                    
33 - Negative control sample well: 2                                                    
34                                                      
35 Delta Ct variance: 0.1706                                                    
36                                                      
37                                                      
38 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
39 10-601 1 33.4444 31.3455 2.0990     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.89 2 < 0.50 0.25 2 2 32.0409 30.6441 1.3968 0.99 0.08 0.94 1.16 3.07 1.91
40 10-601 7 30.6374 29.9428 0.6947         11                                
41 10-607 25 33.4215 30.7353 2.6862     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.34 1 < 0.50 0.34 2 2 32.1220 30.2309 1.8911 1.12 0.58 0.67 0.77 2.33 1.55
42 10-607 31 30.8225 29.7264 1.0961         11                                
43 10-611 49 30.8798 30.1201 0.7597     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 2.85 3 < 0.50 0.18 2 2 30.7045 29.8995 0.8050 0.06 -0.51 1.42 2.76 2.94 0.18
44 10-611 55 30.5292 29.6788 0.8504         11                                
45 10-612 73 31.1513 29.0522 2.0990     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.84 2 < 0.50 0.21 2 2 29.8085 28.3774 1.4311 0.94 0.12 0.92 1.16 2.93 1.77
46 10-612 79 28.4658 27.7026 0.7632         11                                
47 10-614 97 29.5982 27.6150 1.9832     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.22 1 < 0.50 0.42 2 2 29.9142 27.8863 2.0279 0.06 0.71 0.61 1.18 1.26 0.08
48 10-614 103 30.2301 28.1576 2.0725         11                                
49 10-615 121 31.5443 30.2032 1.3410     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 2.81 3 < 0.50 0.13 2 2 30.4956 29.6734 0.8222 0.73 -0.49 1.41 1.96 4.03 2.07
50 10-615 127 29.4470 29.1436 0.3034         11                                
51 10-616 145 30.8022 29.5665 1.2357     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 2.13 2 0.51 0.15 2 2 30.7217 29.5002 1.2214 0.02 -0.09 1.07 2.11 2.15 0.04
52 10-616 151 30.6412 29.4340 1.2071         11                                
53 10-620 169 32.9117 31.4669 1.4448     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.76 2 < 0.50 0.17 2 2 32.7785 31.2789 1.4996 0.08 0.19 0.88 1.69 1.83 0.13
54 10-620 175 32.6453 31.0909 1.5544         11                                
55 10-621 193 30.1901 29.0972 1.0929     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 2.40 2 < 0.50 0.41 2 2 30.3304 29.2781 1.0523 0.06 -0.26 1.20 2.33 2.47 0.14
56 10-621 199 30.4708 29.4591 1.0117         11                                
57 10-623T 217 33.5382 31.7141 1.8241     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.26 1 < 0.50 0.48 2 2 33.4201 31.4412 1.9789 0.22 0.66 0.63 1.13 1.40 0.27
58 10-623T 223 33.3020 31.1683 2.1337         11                                
59 10-627 241 37.2070 35.7109 1.4961 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 11         2                    
60 10-627 247 undetermined 35.1426 undetermined x VICET     11                                
61 10-628 265 30.4672 27.7101 2.7571     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 0.87 1 < 0.50 0.20 2 2 30.0911 27.5773 2.5139 0.34 1.20 0.44 0.74 1.03 0.30
62 10-628 271 29.7150 27.4444 2.2706         11                                
63 10-637 IS 289 34.3270 31.6463 2.6807     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.82 2 < 0.50 0.43 2 2 33.1758 31.7256 1.4502 1.74 0.14 0.91 0.78 4.27 3.50
64 10-637 IS 295 32.0246 31.8049 0.2197         11                                
65 10-638 313 32.3687 30.0991 2.2696     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.63 2 < 0.50 0.24 2 2 31.3325 29.7217 1.6108 0.93 0.30 0.81 1.03 2.57 1.54
66 10-638 319 30.2963 29.3443 0.9520         11                                
67 10-641 13 32.6068 31.0422 1.5645     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.98 2 0.53 0.13 2 2 31.9441 30.6138 1.3304 0.33 0.02 0.99 1.68 2.33 0.64
68 10-641 19 31.2815 30.1853 1.0962         11                                
69 10-644 37 32.6444 31.8882 0.7562     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 3.23 3 < 0.50 0.20 2 2 32.0522 31.4285 0.6237 0.19 -0.69 1.61 2.95 3.54 0.59
70 10-644 43 31.4600 30.9688 0.4912         11                                
71 10-645 61 36.1305 33.9427 2.1878 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 11         2                    
72 10-645 67 34.8342 33.7874 1.0468 x VICET     11                                
73 10-646 85 29.8954 28.3619 1.5335     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 2.01 2 0.54 0.19 2 2 29.0709 27.7658 1.3051 0.32 -0.01 1.01 1.72 2.36 0.64
74 10-646 91 28.2464 27.1697 1.0767         11                                
75 10-648 109 30.6328 29.1099 1.5228     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.74 2 < 0.50 0.19 2 2 30.7905 29.2715 1.5191 0.01 0.20 0.87 1.73 1.74 0.01
76 10-648 115 30.9483 29.4330 1.5153         11                                
77 10-649 133 32.1260 29.9129 2.2132     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.22 1 < 0.50 0.20 2 2 31.2082 29.1759 2.0323 0.26 0.72 0.61 1.07 1.38 0.31
78 10-649 139 30.2905 28.4390 1.8515         11                                
79 10-651T 157 33.9863 32.6522 1.3341     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.97 2 < 0.50 0.25 2 1 33.9863 32.6522 1.3341 0.00 0.02 0.99 1.97 1.97 0.00
80 10-651T 163 34.1773 33.2455 0.9318 x VICET     11                                
81 10-654 181 32.7622 30.9483 1.8139     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.48 1 < 0.50 1.15 2 2 32.0624 30.3113 1.7512 0.09 0.44 0.74 1.41 1.54 0.13
82 10-654 187 31.3626 29.6742 1.6884         11                                
83 10-655 205 undetermined 39.8850 undetermined x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 11         2                    
84 10-655 211 36.6651 34.7688 1.8963 x VICET     11                                
85 10-656 229 33.8426 35.3327 -1.4901 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 11         2                    
86 10-656 235 33.3109 33.1551 0.1558 x VICET     11                                
87 10-659 253 29.9516 29.7197 0.2318     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 4.07 4 < 0.50 0.15 2 2 29.5336 29.2451 0.2886 0.08 -1.03 2.04 3.92 4.24 0.32
88 10-659 259 29.1157 28.7704 0.3453         11                                
89 10-660 277 30.5319 29.1565 1.3754     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.95 2 0.53 0.14 2 2 30.7589 29.4050 1.3539 0.03 0.04 0.97 1.92 1.98 0.06
90 10-660 283 30.9858 29.6534 1.3325         11                                
91 10-662 301 30.4710 28.9017 1.5693     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.99 2 < 0.50 0.18 2 2 29.9291 28.6096 1.3195 0.35 0.01 1.00 1.68 2.37 0.69
92 10-662 307 29.3873 28.3175 1.0697         11                                
93 10-667 325 30.3824 28.2269 2.1555     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.48 1 < 0.50 0.76 2 2 29.3960 27.6440 1.7520 0.57 0.44 0.74 1.12 1.95 0.84
94 10-667 331 28.4097 27.0612 1.3485         11                                
95 10-675 349 28.3531 27.6151 0.7380     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 2.99 3 < 0.50 0.17 2 2 28.2522 27.5166 0.7356 0.00 -0.58 1.49 2.98 2.99 0.01
96 10-675 355 28.1513 27.4181 0.7332         11                                
97 10-677 373 31.6329 29.6003 2.0326     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 1.67 2 < 0.50 0.22 2 2 30.4542 28.8804 1.5738 0.65 0.26 0.84 1.22 2.30 1.08
98 10-677 379 29.2754 28.1605 1.1149         11                                
99 DNActrl 361 27.4713 25.7268 1.7446     SMARCE1in3ex3 RNase P 11 2.00 2 0.50 0.13 2 2 26.5916 25.2771 1.3145 0.61 0.00 1.00 1.48 2.69 1.21
100 DNActrl 367 25.7118 24.8274 0.8844         11                                
101 NTC 337 undetermined undetermined undetermined x NTC SMARCE1in3ex3 RNase P 11         2                    
102 NTC 343 undetermined undetermined undetermined x NTC     11