Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120921_1000_3rdset_pl14_01.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in3ex3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120921_1000_3rdset_pl14_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/21/12 3:50:37 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 1 (3%) sample has copy number determined via NOFAM and/or DCTET rules.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 32                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - Undetermined: 1                                                    
28 - 0 Copy: 1                                                    
29 - 1 Copy: 12                                                    
30 - 2 Copies: 13                                                    
31 - 3 Copies: 3                                                    
32 - 4 Copies: 1                                                    
33                                                      
34 Total number of wells omitted from analysis: 5                                                    
35 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 3                                                    
36 - Negative control sample well: 2                                                    
37                                                      
38 Delta Ct variance: 0.2515                                                    
39                                                      
40                                                      
41 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
42 10-810 1 29.3087 28.6036 0.7051     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.83 2 < 0.50 0.07 2 2 29.2055 28.5891 0.6164 0.13 0.13 0.92 1.72 1.95 0.23
43 10-810 7 29.1023 28.5745 0.5278         14                                
44 10-812 25 29.2344 28.8493 0.3851     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.92 2 0.54 0.10 2 2 29.6605 29.1132 0.5474 0.23 0.06 0.96 1.72 2.15 0.43
45 10-812 31 30.0867 29.3770 0.7097         14                                
46 10-813b 49 28.2481 26.6455 1.6026     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 0.81 1 0.99 0.11 2 2 28.8928 27.0977 1.7951 0.27 1.31 0.40 0.71 0.92 0.22
47 10-813b 55 29.5375 27.5499 1.9877         14                                
48 10-814 73 32.1077 30.2379 1.8698     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 0.71 1 > 0.99 0.63 2 2 32.4100 30.4279 1.9821 0.16 1.49 0.36 0.66 0.77 0.11
49 10-814 79 32.7123 30.6178 2.0944         14                                
50 10-817 97 28.9980 28.2911 0.7069     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.68 2 < 0.50 0.12 2 2 29.0068 28.2647 0.7422 0.05 0.25 0.84 1.64 1.72 0.08
51 10-817 103 29.0157 28.2382 0.7775         14                                
52 10-819 121 30.0655 28.9072 1.1583     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.17 1 < 0.50 0.06 2 2 30.3448 29.0862 1.2586 0.14 0.77 0.59 1.09 1.26 0.16
53 10-819 127 30.6241 29.2652 1.3589         14                                
54 10-820 145 31.9234 32.2097 -0.2864     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 3.33 3 < 0.50 0.13 2 2 31.8464 32.0909 -0.2444 0.06 -0.73 1.66 3.23 3.42 0.19
55 10-820 151 31.7695 31.9720 -0.2025         14                                
56 10-821 169 34.9348 33.3890 1.5458 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 14 0.14 0     2 1 36.7304 32.3560 4.3744 0.00 3.89 0.07 0.14 0.14 0.00
57 10-821 175 36.7304 32.3560 4.3744   DCTET     14                                
58 10-823T 193 31.1823 30.0909 1.0914     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.33 1 < 0.50 0.18 2 2 31.4724 30.3914 1.0810 0.01 0.59 0.66 1.32 1.34 0.02
59 10-823T 199 31.7626 30.6920 1.0706         14                                
60 10-824 217 28.7851 28.3154 0.4697     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.61 2 < 0.50 0.13 2 2 29.4504 28.6448 0.8056 0.48 0.32 0.80 1.27 2.03 0.75
61 10-824 223 30.1157 28.9742 1.1415         14                                
62 10-829b 241 30.7018 29.5506 1.1512     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.17 1 < 0.50 0.05 2 2 30.7701 29.5119 1.2582 0.15 0.77 0.59 1.09 1.26 0.17
63 10-829b 247 30.8384 29.4732 1.3652         14                                
64 10-831 265 33.6908 33.5619 0.1289 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 14         2                    
65 10-831 271 34.5271 33.4517 1.0755 x VICET     14                                
66 10-832 289 27.9579 27.8836 0.0743     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 3.16 3 < 0.50 0.09 2 2 28.0950 28.2634 -0.1684 0.34 -0.66 1.58 2.67 3.73 1.07
67 10-832 295 28.2322 28.6432 -0.4111         14                                
68 10-833 313 28.9987 28.1942 0.8045     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.73 2 < 0.50 0.04 2 2 29.0552 28.3566 0.6986 0.15 0.21 0.86 1.61 1.86 0.25
69 10-833 319 29.1118 28.5190 0.5928         14                                
70 10-835 13 30.6807 29.8415 0.8392     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.41 1 < 0.50 0.53 2 2 30.7577 29.7622 0.9955 0.22 0.51 0.70 1.26 1.57 0.31
71 10-835 19 30.8346 29.6828 1.1518         14                                
72 10-838 37 27.0831 26.9503 0.1328     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 2.36 2 < 0.50 0.12 2 2 27.4055 27.1545 0.2510 0.17 -0.24 1.18 2.17 2.56 0.39
73 10-838 43 27.7279 27.3588 0.3691         14                                
74 10-839a 61 26.6031 26.2011 0.4020     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.95 2 0.50 0.06 2 2 27.2075 26.6793 0.5282 0.18 0.04 0.97 1.78 2.12 0.34
75 10-839a 67 27.8119 27.1575 0.6545         14                                
76 10-840 85 27.2914 26.6393 0.6521     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.78 2 < 0.50 0.06 2 2 27.4426 26.7839 0.6587 0.01 0.17 0.89 1.77 1.79 0.02
77 10-840 91 27.5939 26.9286 0.6653         14                                
78 10-841a 109 28.6549 29.0376 -0.3827     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 3.85 4 < 0.50 0.11 2 2 28.9730 29.4291 -0.4561 0.10 -0.95 1.93 3.66 4.05 0.39
79 10-841a 115 29.2911 29.8206 -0.5296         14                                
80 10-851 133 28.2640 27.1920 1.0720     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.30 1 < 0.50 0.16 2 2 28.4763 27.3673 1.1090 0.05 0.62 0.65 1.27 1.34 0.07
81 10-851 139 28.6886 27.5427 1.1460         14                                
82 10-852 157 29.3361 28.6020 0.7341     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.63 2 < 0.50 0.09 2 2 29.6677 28.8871 0.7805 0.07 0.29 0.82 1.58 1.69 0.11
83 10-852 163 29.9992 29.1723 0.8270         14                                
84 10-853 181 27.6795 27.0576 0.6219     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.60 2 < 0.50 0.12 2 2 27.7009 26.8868 0.8141 0.27 0.32 0.80 1.40 1.82 0.43
85 10-853 187 27.7224 26.7161 1.0063         14                                
86 10-855 205 28.6046 27.7107 0.8939     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.55 2 < 0.50 0.32 2 2 28.7749 27.9135 0.8614 0.05 0.37 0.77 1.51 1.58 0.07
87 10-855 211 28.9452 28.1163 0.8289         14                                
88 10-856 229 29.4672 29.9664 -0.4992     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 2.89 3 < 0.50 0.13 2 2 29.9699 30.0121 -0.0421 0.65 -0.53 1.45 2.11 3.97 1.86
89 10-856 235 30.4727 30.0577 0.4150         14                                
90 10-857 253 29.1920 28.2761 0.9159     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.32 1 < 0.50 0.17 2 2 29.2900 28.2054 1.0846 0.24 0.60 0.66 1.18 1.49 0.31
91 10-857 259 29.3880 28.1347 1.2533         14                                
92 10-861 277 27.0914 26.4102 0.6812     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.43 1 < 0.50 0.34 2 2 27.6159 26.6377 0.9782 0.42 0.49 0.71 1.16 1.75 0.59
93 10-861 283 28.1405 26.8652 1.2752         14                                
94 10-865 301 29.4494 28.3480 1.1014     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.33 1 < 0.50 0.18 2 2 29.5873 28.5121 1.0752 0.04 0.59 0.67 1.31 1.36 0.05
95 10-865 307 29.7252 28.6762 1.0490         14                                
96 10-867 325 26.9203 26.0066 0.9138     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.49 1 < 0.50 0.59 2 2 27.2266 26.3122 0.9145 0.00 0.43 0.74 1.49 1.49 0.00
97 10-867 331 27.5330 26.6178 0.9152         14                                
98 10-868 349 30.7651 30.0656 0.6995     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.92 2 < 0.50 0.07 2 2 30.5427 29.9979 0.5448 0.22 0.06 0.96 1.73 2.14 0.41
99 10-868 355 30.3203 29.9303 0.3900         14                                
100 10-870 373 28.8215 27.3693 1.4522     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 1.10 1 0.54 0.10 2 2 28.2017 26.8437 1.3580 0.13 0.87 0.55 1.03 1.17 0.14
101 10-870 379 27.5818 26.3180 1.2638         14                                
102 DNActrl 361 24.9988 24.3649 0.6339     SMARCE1in3ex3 RNase P 14 2.00 2 0.57 0.12 2 2 24.9398 24.4504 0.4894 0.20 0.00 1.00 1.81 2.21 0.40
103 DNActrl 367 24.8809 24.5360 0.3449         14                                
104 NTC 337 37.8393 undetermined undetermined x NTC SMARCE1in3ex3 RNase P 14         2                    
105 NTC 343 undetermined undetermined undetermined x NTC     14