Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916
  A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z AA
1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120918_1000_3rdset_pl5_01.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in3ex3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120918_1000_3rdset_pl5_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/18/12 2:42:52 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 32                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 2                                                    
26 - 1 Copy: 14                                                    
27 - 2 Copies: 14                                                    
28 - 4 Copies: 1                                                    
29                                                      
30 Total number of wells omitted from analysis: 8                                                    
31 - Undetermined VIC Ct: 4                                                    
32 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 2                                                    
33 - Negative control sample well: 2                                                    
34                                                      
35 Delta Ct variance: 0.2635                                                    
36                                                      
37                                                      
38 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
39 10-234 1 undetermined 37.5606 undetermined x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 5         2                    
40 10-234 7 undetermined 35.9581 undetermined x VICET     5                                
41 10-235 25 undetermined undetermined undetermined x NOVIC SMARCE1in3ex3 RNase P 5         2                    
42 10-235 31 undetermined undetermined undetermined x NOVIC     5                                
43 10-237b 49 30.7189 28.8611 1.8577     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 0.99 1 0.75 0.20 2 2 30.2432 28.5924 1.6508 0.29 1.02 0.49 0.86 1.14 0.28
44 10-237b 55 29.7676 28.3237 1.4439         5                                
45 10-238 73 29.8639 28.6101 1.2538     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.52 2 < 0.50 0.52 2 2 29.0087 27.9786 1.0301 0.32 0.40 0.76 1.30 1.77 0.47
46 10-238 79 28.1535 27.3471 0.8064         5                                
47 10-239 97 31.5171 29.8473 1.6698     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.17 1 < 0.50 0.15 2 2 31.6397 30.2331 1.4066 0.37 0.77 0.58 0.97 1.40 0.43
48 10-239 103 31.7622 30.6189 1.1433         5                                
49 10-240 121 32.8228 30.4596 2.3632     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 0.85 1 0.81 0.16 2 2 31.5702 29.6976 1.8726 0.69 1.24 0.42 0.60 1.19 0.59
50 10-240 127 30.3175 28.9355 1.3820         5                                
51 10-241 145 31.4745 30.7173 0.7572     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.20 2 0.61 0.14 2 2 30.9021 30.4073 0.4948 0.37 -0.14 1.10 1.83 2.64 0.80
52 10-241 151 30.3298 30.0973 0.2324         5                                
53 10-245 169 31.4935 29.5819 1.9116     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.18 1 < 0.50 0.14 2 2 30.5418 29.1503 1.3915 0.74 0.76 0.59 0.82 1.70 0.87
54 10-245 175 29.5901 28.7187 0.8714         5                                
55 10-246 193 32.2188 30.5207 1.6981     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.07 1 0.50 0.10 2 2 31.7172 30.1855 1.5317 0.24 0.90 0.54 0.96 1.20 0.25
56 10-246 199 31.2156 29.8503 1.3653         5                                
57 10-249 217 30.4041 28.4598 1.9443     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.07 1 < 0.50 0.09 2 2 29.7147 28.1852 1.5296 0.59 0.90 0.54 0.81 1.43 0.63
58 10-249 223 29.0254 27.9105 1.1148         5                                
59 10-251 241 30.5972 30.7498 -0.1525     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 4.31 4 < 0.50 0.08 2 2 29.5126 29.9892 -0.4766 0.46 -1.11 2.16 3.45 5.40 1.95
60 10-251 247 28.4280 29.2287 -0.8006         5                                
61 10-252 265 29.4110 27.8346 1.5764     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.19 1 < 0.50 0.15 2 2 29.6982 28.3178 1.3805 0.28 0.75 0.60 1.04 1.36 0.32
62 10-252 271 29.9855 28.8009 1.1845         5                                
63 10-254 289 29.3143 27.9661 1.3483     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.71 2 < 0.50 0.16 2 2 28.4902 27.6337 0.8564 0.70 0.22 0.86 1.22 2.41 1.19
64 10-254 295 27.6660 27.3014 0.3646         5                                
65 10-255 313 31.2739 29.5354 1.7385     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.11 1 < 0.50 0.08 2 2 30.7506 29.2644 1.4863 0.36 0.85 0.55 0.93 1.32 0.39
66 10-255 319 30.2274 28.9933 1.2341         5                                
67 10-256 337 30.9760 29.3047 1.6713     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.24 1 < 0.50 0.15 2 2 30.7922 29.4667 1.3255 0.49 0.69 0.62 0.97 1.57 0.60
68 10-256 343 30.6083 29.6286 0.9797         5                                
69 10-257 361 29.5485 29.0089 0.5396     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.30 2 0.68 0.10 2 2 29.0614 28.6287 0.4327 0.15 -0.20 1.15 2.13 2.47 0.34
70 10-257 367 28.5743 28.2485 0.3258         5                                
71 10-258 13 30.2023 27.6156 2.5867     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 0.55 1 0.98 1.46 2 2 29.9107 27.4185 2.4922 0.13 1.86 0.28 0.52 0.59 0.07
72 10-258 19 29.6190 27.2214 2.3976         5                                
73 10-259 37 undetermined undetermined undetermined x NOVIC SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.70 2 < 0.50 0.18 2 1 29.3480 28.4833 0.8647 0.00 0.23 0.85 1.70 1.70 0.00
74 10-259 43 29.3480 28.4833 0.8647         5                                
75 10-260 61 29.6270 28.8304 0.7966     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.07 2 0.50 0.11 2 2 29.1550 28.5745 0.5805 0.31 -0.05 1.04 1.79 2.41 0.62
76 10-260 67 28.6830 28.3186 0.3644         5                                
77 10-264 85 34.2718 32.0158 2.2560     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.21 1 < 0.50 0.16 2 2 32.7527 31.3930 1.3597 1.27 0.73 0.60 0.65 2.25 1.60
78 10-264 91 31.2336 30.7703 0.4633         5                                
79 10-266 109 undetermined undetermined undetermined x NOVIC SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.81 2 < 0.50 0.19 2 1 31.3859 30.6101 0.7758 0.00 0.14 0.91 1.81 1.81 0.00
80 10-266 115 31.3859 30.6101 0.7758         5                                
81 10-267 133 31.9571 30.6131 1.3439     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.86 2 < 0.50 0.12 2 2 30.8101 30.0695 0.7406 0.85 0.11 0.93 1.22 2.82 1.60
82 10-267 139 29.6632 29.5258 0.1373         5                                
83 10-268 157 31.0407 30.6191 0.4216     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.17 2 0.58 0.09 2 2 30.9061 30.3916 0.5145 0.13 -0.12 1.09 2.04 2.32 0.28
84 10-268 163 30.7715 30.1642 0.6074         5                                
85 10-270 181 30.6097 30.1088 0.5009     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.47 2 0.59 0.13 2 2 30.3055 29.9761 0.3293 0.24 -0.30 1.23 2.19 2.78 0.59
86 10-270 187 30.0012 29.8434 0.1578         5                                
87 10-272T 205 29.7175 28.6510 1.0666     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.88 2 < 0.50 0.07 2 2 29.2051 28.4861 0.7190 0.49 0.09 0.94 1.48 2.40 0.92
88 10-272T 211 28.6927 28.3213 0.3715         5                                
89 10-273 229 30.4848 30.2824 0.2025     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.13 2 0.50 0.12 2 2 31.2321 30.6895 0.5425 0.48 -0.09 1.06 1.68 2.69 1.01
90 10-273 235 31.9793 31.0967 0.8826         5                                
91 10-275 253 31.4910 30.8854 0.6055     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.34 2 0.60 0.10 2 2 30.8669 30.4623 0.4045 0.28 -0.23 1.17 2.04 2.69 0.66
92 10-275 259 30.2428 30.0393 0.2035         5                                
93 10-276 277 29.9885 28.7819 1.2065     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.36 1 < 0.50 0.66 2 2 30.4180 29.2331 1.1849 0.03 0.55 0.68 1.34 1.38 0.04
94 10-276 283 30.8476 29.6843 1.1633         5                                
95 10-277 301 30.0856 28.7329 1.3527     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.22 1 < 0.50 0.19 2 2 30.1356 28.7924 1.3432 0.01 0.71 0.61 1.21 1.23 0.02
96 10-277 307 30.1856 28.8520 1.3336         5                                
97 10-280 325 34.0810 31.9292 2.1518     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 1.13 1 < 0.50 0.10 2 2 33.2264 31.7658 1.4605 0.98 0.83 0.56 0.70 1.82 1.12
98 10-280 331 32.3717 31.6024 0.7693         5                                
99 DNActrl 373 26.2902 25.2382 1.0520     SMARCE1in3ex3 RNase P 5 2.00 2 < 0.50 0.08 2 2 25.4745 24.8418 0.6328 0.59 0.00 1.00 1.50 2.67 1.18
100 DNActrl 379 24.6589 24.4454 0.2135         5                                
101 NTC 349 undetermined undetermined undetermined x NTC SMARCE1in3ex3 RNase P 5         2                    
102 NTC 355 undetermined undetermined undetermined x NTC     5