Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/SMARCEin3ex3/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120920_1000_3rdset_pl9_01_2nd.txt                                                    
5 Target name: SMARCE1in3ex3                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120920_1000_3rdset_pl9_01_2nd                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/20/12 12:28:04 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22                                                      
23 Total number of samples: 32                                                    
24 - Negative control: 1                                                    
25 - Undetermined: 3                                                    
26 - 1 Copy: 13                                                    
27 - 2 Copies: 10                                                    
28 - 3 Copies: 5                                                    
29                                                      
30 Total number of wells omitted from analysis: 9                                                    
31 - Undetermined VIC Ct: 1                                                    
32 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 6                                                    
33 - Negative control sample well: 2                                                    
34                                                      
35 Delta Ct variance: 0.3064                                                    
36                                                      
37                                                      
38 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
39 10-170 1 31.7387 28.4430 3.2956     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 0.59 1 0.99 1.30 2 2 30.6276 27.8442 2.7835 0.72 1.75 0.30 0.42 0.85 0.43
40 10-170 7 29.5166 27.2454 2.2713         9                                
41 10-468T 25 30.8669 27.8923 2.9746     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 0.71 1 0.93 0.32 2 2 30.2633 27.7291 2.5341 0.62 1.50 0.35 0.52 0.96 0.44
42 10-468T 31 29.6596 27.5660 2.0936         9                                
43 10-470 49 29.6929 27.8451 1.8478     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.22 1 < 0.50 0.14 2 2 29.0293 27.2900 1.7393 0.15 0.71 0.61 1.13 1.32 0.18
44 10-470 55 28.3656 26.7349 1.6308         9                                
45 10-476 73 35.6914 35.3766 0.3148 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 9         2                    
46 10-476 79 35.7295 34.9136 0.8159 x VICET     9                                
47 10-480 97 31.3197 30.5543 0.7654     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.49 2 < 0.50 0.14 2 2 30.8952 30.1832 0.7120 0.08 -0.32 1.25 2.40 2.59 0.18
48 10-480 103 30.4708 29.8122 0.6586         9                                
49 10-484 121 32.8448 31.8387 1.0061     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 3.18 3 < 0.50 0.10 2 2 31.8986 31.5378 0.3609 0.91 -0.67 1.59 2.03 4.97 2.94
50 10-484 127 30.9525 31.2368 -0.2844         9                                
51 10-486 145 29.5366 28.5063 1.0303     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.14 2 < 0.50 0.08 2 2 29.4118 28.4799 0.9319 0.14 -0.10 1.07 2.00 2.29 0.29
52 10-486 151 29.2870 28.4536 0.8334         9                                
53 10-496 169 33.3098 31.5994 1.7104     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.22 1 < 0.50 0.21 2 2 33.0783 31.3380 1.7403 0.04 0.71 0.61 1.20 1.25 0.05
54 10-496 175 32.8469 31.0766 1.7703         9                                
55 10-497 193 32.7205 30.4022 2.3183     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.01 1 0.67 0.07 2 2 31.9211 29.9087 2.0124 0.43 0.98 0.51 0.82 1.25 0.43
56 10-497 199 31.1218 29.4153 1.7065         9                                
57 10-499 217 32.3582 30.3481 2.0101     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.31 1 < 0.50 0.24 2 2 31.6170 29.9738 1.6432 0.52 0.61 0.65 1.01 1.69 0.67
58 10-499 223 30.8759 29.5995 1.2763         9                                
59 10-500 241 31.2752 30.3564 0.9188     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.68 3 < 0.50 0.35 2 2 30.1278 29.5198 0.6080 0.44 -0.42 1.34 2.16 3.32 1.16
60 10-500 247 28.9804 28.6831 0.2973         9                                
61 10-501 265 30.5475 29.6943 0.8532     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.19 2 < 0.50 0.06 2 2 30.4551 29.5578 0.8973 0.06 -0.13 1.10 2.13 2.26 0.13
62 10-501 271 30.3627 29.4214 0.9413         9                                
63 10-502T 289 29.7422 28.5831 1.1591     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.41 2 < 0.50 0.09 2 2 28.9647 28.2023 0.7624 0.56 -0.27 1.20 1.83 3.17 1.34
64 10-502T 295 28.1872 27.8214 0.3658         9                                
65 10-505 313 undetermined undetermined undetermined x NOVIC SMARCE1in3ex3 RNase P 9         2                    
66 10-505 319 37.2253 35.8703 1.3551 x VICET     9                                
67 10-507T 13 29.7124 28.7623 0.9502     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.29 2 < 0.50 0.09 2 2 29.0945 28.2573 0.8372 0.16 -0.19 1.14 2.11 2.47 0.36
68 10-507T 19 28.4766 27.7522 0.7243         9                                
69 10-508 37 34.7401 32.3004 2.4397     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 0.99 1 0.67 0.06 2 2 33.8119 31.7716 2.0403 0.56 1.01 0.50 0.75 1.31 0.56
70 10-508 43 32.8837 31.2428 1.6409         9                                
71 10-509 61 38.2413 33.0700 5.1713 x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 9 0.69 1 0.88 0.27 2 1 34.4816 31.9140 2.5677 0.00 1.54 0.34 0.69 0.69 0.00
72 10-509 67 34.4816 31.9140 2.5677         9                                
73 10-511c 85 33.8701 31.8817 1.9884     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.15 1 < 0.50 0.11 2 2 33.6652 31.8356 1.8295 0.22 0.80 0.57 1.03 1.28 0.25
74 10-511c 91 33.4602 31.7896 1.6706         9                                
75 10-512 109 31.4752 30.0697 1.4055     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.48 1 < 0.50 0.49 2 2 31.8173 30.3526 1.4647 0.08 0.43 0.74 1.42 1.54 0.12
76 10-512 115 32.1594 30.6355 1.5239         9                                
77 10-515 133 32.1356 31.4801 0.6555     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 3.43 3 < 0.50 0.11 2 2 31.6230 31.3706 0.2524 0.57 -0.78 1.71 2.59 4.53 1.94
78 10-515 139 31.1104 31.2612 -0.1508         9                                
79 10-516 157 undetermined 34.2869 undetermined x VICET SMARCE1in3ex3 RNase P 9         2                    
80 10-516 163 35.6123 34.0109 1.6014 x VICET     9                                
81 10-520 181 29.4976 28.9104 0.5871     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.56 3 < 0.50 0.37 2 2 29.3256 28.6527 0.6730 0.12 -0.36 1.28 2.41 2.72 0.31
82 10-520 187 29.1537 28.3949 0.7588         9                                
83 10-521 205 32.5040 30.2002 2.3038     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 0.97 1 0.78 0.08 2 2 32.0231 29.9481 2.0751 0.32 1.04 0.48 0.83 1.14 0.31
84 10-521 211 31.5423 29.6960 1.8463         9                                
85 10-522 229 30.4995 29.6877 0.8118     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.19 2 < 0.50 0.07 2 2 30.7134 29.8154 0.8980 0.12 -0.13 1.10 2.06 2.33 0.26
86 10-522 235 30.9273 29.9431 0.9842         9                                
87 10-525 253 30.9780 30.4829 0.4951     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 3.07 3 < 0.50 0.10 2 2 30.9513 30.5382 0.4131 0.12 -0.62 1.53 2.90 3.25 0.35
88 10-525 259 30.9246 30.5934 0.3311         9                                
89 10-526 277 30.5898 29.8278 0.7620     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.74 2 < 0.50 0.14 2 2 31.0930 29.8583 1.2347 0.67 0.20 0.87 1.25 2.41 1.16
90 10-526 283 31.5961 29.8888 1.7073         9                                
91 10-527b 301 34.6724 32.1527 2.5197     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.18 1 < 0.50 0.10 2 2 33.7722 31.9766 1.7957 1.02 0.77 0.59 0.71 1.94 1.23
92 10-527b 307 32.8720 31.8004 1.0716         9                                
93 10-530 325 32.7988 30.9016 1.8972     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.30 1 < 0.50 0.19 2 2 32.5446 30.8973 1.6474 0.35 0.62 0.65 1.10 1.55 0.45
94 10-530 331 32.2904 30.8929 1.3975         9                                
95 10-532 349 26.5034 25.4301 1.0733     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.76 2 < 0.50 0.14 2 2 27.1028 25.8901 1.2127 0.20 0.18 0.88 1.60 1.94 0.34
96 10-532 355 27.7022 26.3500 1.3522         9                                
97 10-875 373 29.1248 27.5595 1.5653     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 1.85 2 < 0.50 0.09 2 2 28.6420 27.4984 1.1436 0.60 0.11 0.92 1.38 2.48 1.10
98 10-875 379 28.1593 27.4373 0.7220         9                                
99 DNActrl 361 27.2916 25.9280 1.3636     SMARCE1in3ex3 RNase P 9 2.00 2 < 0.50 0.08 2 2 26.1143 25.0840 1.0303 0.47 0.00 1.00 1.59 2.52 0.93
100 DNActrl 367 24.9370 24.2399 0.6970         9                                
101 NTC 337 undetermined undetermined undetermined x NTC SMARCE1in3ex3 RNase P 9         2                    
102 NTC 343 undetermined undetermined undetermined x NTC     9