Warning: require_once(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /home/gkatak/public_html/17CN/TP53exin8/.excel/excel_reader2.php on line 916

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /home/gkatak/public_html/17CN/TP53exin8/.excel/excel_reader2.php on line 916
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1 Analysis Software: CopyCaller v2.0                                                    
2                                                      
3                                                      
4 File name: 20120910_1000_2ndset_pl21_01.txt                                                    
5 Target name: TP53 in8ex8                                                    
6 Reference name: RNase P                                                    
7                                                      
8 File Header:                                                    
9 SDS 2.2.1 AQ Results 1.0                                                    
10 Filename 20120910_1000_2ndset_pl21_01                                                    
11 PlateID                                                    
12 Assay Type Absolute Quantification                                                    
13 Run DateTime 9/10/12 4:36:00 PM                                                    
14 Operator                                                    
15 ThermalCycleParams                                                    
16                                                      
17 Analysis Parameters:                                                    
18 VIC Ct detection threshold: 33.0                                                    
19 Calibrator sample: DNActrl                                                    
20 Calibrator sample copy number: 2                                                    
21                                                      
22 Warning:                                                    
23 Insufficient data points to estimate confidence and z-score values.
                                                   
24                                                      
25 Total number of samples: 16                                                    
26 - Negative control: 1                                                    
27 - 1 Copy: 1                                                    
28 - 2 Copies: 4                                                    
29 - 3 Copies: 6                                                    
30 - 4 Copies: 3                                                    
31 - 5 Copies: 1                                                    
32                                                      
33 Total number of wells omitted from analysis: 3                                                    
34 - VIC Ct exceeded the specified detection threshold (33.0): 1                                                    
35 - Negative control sample well: 2                                                    
36                                                      
37                                                      
38 Sample Name Well Position FAM Ct VIC Ct Delta Ct Omitted Flag Replicate Comments Target Reference Plate ID CN Calculated CN Predicted Confidence |Z-Score| Replicate Count Replicates Analyzed FAM Ct Mean VIC Ct Mean Delta Ct Mean Delta Ct SD Delta Delta Ct RQ Min CN Max CN CN Range Sample Comments
39 10-551 2 28.5403 30.0486 -1.5083     TP53 in8ex8 RNase P 21 5.19 5     2 2 28.5617 29.8939 -1.3322 0.25 -1.38 2.60 4.60 5.87 1.27
40 10-551 14 28.5831 29.7393 -1.1562         21                                
41 10-553 26 27.6933 28.2671 -0.5738     TP53 in8ex8 RNase P 21 3.18 3     2 2 27.5603 28.1844 -0.6241 0.07 -0.67 1.59 3.07 3.29 0.22
42 10-553 38 27.4273 28.1017 -0.6743         21                                
43 10-555 50 28.5116 29.4936 -0.9820     TP53 in8ex8 RNase P 21 3.96 4     2 2 28.6649 29.6061 -0.9412 0.06 -0.99 1.98 3.85 4.07 0.22
44 10-555 62 28.8183 29.7187 -0.9004         21                                
45 10-556 74 30.8559 30.6955 0.1605     TP53 in8ex8 RNase P 21 1.71 2     2 2 30.9941 30.7199 0.2742 0.16 0.23 0.85 1.58 1.85 0.27
46 10-556 86 31.1323 30.7443 0.3880         21                                
47 10-560 98 28.2019 28.8944 -0.6925     TP53 in8ex8 RNase P 21 3.76 4     2 2 28.3984 29.2639 -0.8654 0.24 -0.91 1.88 3.33 4.24 0.90
48 10-560 110 28.5949 29.6333 -1.0384         21                                
49 10-561 122 32.5301 33.4692 -0.9392 x VICET TP53 in8ex8 RNase P 21 3.13 3     2 1 32.3718 32.9714 -0.5996 0.00 -0.64 1.56 3.13 3.13 0.00
50 10-561 134 32.3718 32.9714 -0.5996         21                                
51 10-563 146 28.7815 29.0695 -0.2880     TP53 in8ex8 RNase P 21 2.52 3     2 2 29.1701 29.4575 -0.2875 0.00 -0.33 1.26 2.52 2.52 0.00
52 10-563 158 29.5587 29.8456 -0.2869         21                                
53 10-564 170 29.8878 30.3928 -0.5049     TP53 in8ex8 RNase P 21 2.70 3     2 2 30.1511 30.5402 -0.3891 0.16 -0.43 1.35 2.49 2.93 0.43
54 10-564 182 30.4144 30.6876 -0.2732         21                                
55 10-565T 194 30.3215 30.0589 0.2626     TP53 in8ex8 RNase P 21 2.24 2     2 2 30.1322 30.2502 -0.1181 0.54 -0.16 1.12 1.72 2.91 1.19
56 10-565T 206 29.9428 30.4415 -0.4987         21                                
57 10-570 218 28.0826 28.9922 -0.9096     TP53 in8ex8 RNase P 21 3.66 4     2 2 28.2525 29.0815 -0.8290 0.11 -0.87 1.83 3.47 3.87 0.41
58 10-570 230 28.4224 29.1708 -0.7485         21                                
59 10-574 242 27.1438 27.7981 -0.6543     TP53 in8ex8 RNase P 21 2.83 3     2 2 27.3169 27.7725 -0.4556 0.28 -0.50 1.41 2.46 3.25 0.78
60 10-574 254 27.4900 27.7469 -0.2569         21                                
61 10-576 266 31.3999 30.9907 0.4091     TP53 in8ex8 RNase P 21 1.49 1     2 2 31.9542 31.4863 0.4679 0.08 0.42 0.75 1.43 1.55 0.12
62 10-576 278 32.5085 31.9819 0.5266         21                                
63 10-585T 290 28.9297 28.9688 -0.0391     TP53 in8ex8 RNase P 21 2.08 2     2 2 29.1326 29.1425 -0.0099 0.04 -0.05 1.04 2.04 2.12 0.08
64 10-585T 302 29.3354 29.3161 0.0193         21                                
65 10-586 314 31.9585 32.2796 -0.3211     TP53 in8ex8 RNase P 21 2.66 3     2 2 32.0123 32.3779 -0.3656 0.06 -0.41 1.33 2.58 2.74 0.16
66 10-586 326 32.0662 32.4762 -0.4100         21                                
67 DNActrl 362 24.0166 23.9444 0.0722     TP53 in8ex8 RNase P 21 2.00 2     2 2 24.0758 24.0313 0.0445 0.04 0.00 1.00 1.96 2.04 0.08
68 DNActrl 374 24.1349 24.1182 0.0167         21                                
69 NTC 338 undetermined undetermined undetermined x NTC TP53 in8ex8 RNase P 21         2                    
70 NTC 350 undetermined undetermined undetermined x NTC     21